Search form

Chalmers University of Technology - Sysbio, Gotenborg, Sweden

Contact details
Traineeship proposition
Abstract
Testimony
Admin

Abstract Bachelor Project 1 FBT 2020-2021: Role of the peroxiredoxin Tsa1 in amino acid metabolism and protein biosynthesis

In yeast, the major peroxiredoxin (Prx) is Tsa1, which has both a specific antioxidant function to protect cells against oxidative stress and a role in protecting cells from misfolding and aggregation of new proteins. Tsa1 is crucial for resistance against exogenously added hydrogen peroxide (H2O2) and is required during normal aerobic growth conditions. When Tsa1 is absent cells accumulate a higher level of spontaneous mutations. Molin and Picazo found a connections between Tsa1 and protein synthesis. They studied three genes encoding tRNA modification enzymes (DEG1, UBA4 and ELP6) that share negative genetic interaction with Tsa1. They noticed that in the H2O2 resistant strain with an extra copy of TSA1, a deg1Δ mutant made cells H2O2 sensitive despite overexpressing TSA1. Therefore, in this work, different plasmid containing the gene DEG1 were constructed to attempt to overexpress the DEG1 gene. Moreover, recent unpublished studies (Molin & Picazo, 2021) have shown that the levels of intracellular methionine, lysine, glutamate an glutamine are higher in tsa1∆ mutant compared to the wildtype strain. To further explore this result, in this thesis the question whether there is a connection between Tsa1 and enzymes associated with tRNA synthetase or tRNA modification was asked. To answer this question, the gene expression levels of genes encoding enzymes in these biosynthesis pathway, was checked. The studied genes expression levels through RT-qPCR do not show big differences between the different cells strains under H2O2 conditions. This because in the tsa1∆ mutant, Tsa1 may regulate amino acid biosynthesis at the level of tRNA and not at the level of gene expression. The performed spot tests with different constructs overexpressing DEG1 suggested that overexpression of DEG1 from its endogenous promotor boosted cellular H2O2 resistance. However, this occur at the absence of TSA1 suggesting a close functional interaction between Deg1 and Tsa1 in cellular H2O2 resistance. 

Abstract Bachelor Project 2 FBT 2020-2021: Optical mapping of plasmid carrying antibiotic resistance gene on glass

The inefficiency of antibiotics due to antibiotic resistance remains recurrent, and this poses a major global health problem. Infections from a bacterium carrying an antibiotic-resistance gene can induce antibiotics inefficiency to the host. When such an infection is related to a multi-drug resistant bacterium, which can survive last-resort-antibiotics, there exists no proper treatment. The World Health Organisation (WHO) esteems that antibiotic resistance has negatively impacted global health and there is need for rapid actions. A method for detecting a multi-drug resistant gene present in bacteria, for example the MCR-1 gene, that circulates through horizontal gene transfer amongst Enterobacteriaceae is optical DNA mapping (ODM). ODM is based on fluorescently labelling and stretching single DNA molecules to check for the presence of a gene. In this assay, we (1) used CRISPR/Cas9 having a guide-RNA (gRNA) sequence complementary to the MCR-1 gene to cut the plasmids thereafter, applied a competitive binding using YOYO-1 and netropsin, (2) use silane solutions to functionalize glass coverslips and (3) uniformly stretched the plasmids on the silane coated glass surfaces for fluorescence microscopy. Surface stretching on glass is new compared to nanochannels stretching which is standard. The YOYO-1 and netropsin binding patterns on the plasmids could reveal sequence information on the plasmids carrying the resistance gene that permitted the building of the plasmid barcode. Using ODM on glass, we could determine sizes (93 - 115 kilo base pair) of plasmids carrying the MCR-1 antibiotic resistance gene and device a barcode for the plasmids. When the same samples were stretched using nanofluidic channels, their barcodes showed similarity to when samples were stretched on glass coverslips. The results attained indicate that ODM on glass stands as a prospective tool for detecting antimicrobial resistance genes present in bacteria.

Address

Kemigården 4
41258 Gotenborg
Sweden

Contacts

Mikael Molin
Fredrik Westerlund

Testimony Iben Degrauwe

Göteborg, Zweden, het land van de sneeuw, bossen, meren en een vooruitstrevend land op vlak van de wetenschap. Dit laatste is dus een groot pluspunt om op Erasmus te gaan naar één van de Scandinavisch landen. Göteborg, de tweede grootste stad van Zweden is een levendige studentenstad met parken waar studenten in de avond samen komen om iets te drinken en te genieten van het uitzicht over de stad. Het is een stad met een prachtige kustlijn met zicht op de verschillende eilandjes en heeft twee prachtige meren net buiten de stad. Aan de meren wordt er ieder weekend wel samen gekomen met vrienden om rond een vuurtje te zitten bij 0 °C en te genieten van het prachtige uitzicht. De eerste week was ik verrast hoe vriendelijk en gastvrij de bevolking hier is voor buitenlanders. Mijn slaapplaats was een kot met vijftien andere studenten. Mijn kotgenoten waren zeer vriendelijke en namen me na een week mee naar hun groep met vrienden en ik dus zo al snel nieuwe mensen leerde kennen. Engels praten is voor hen zeker geen probleem en passen zich dus ook graag aan.

Ik doe mijn stage op de universiteit van Chalmers in de onderzoeksgroep Sysbio. De eerste twee weken op stage waren vooral lezen van achtergrondinformatie over het onderzoek en documenten invullen om te mogen starten in het labo. Na deze twee weken opzoeken en papers lezen begon mijn echte onderzoek “Role of the peroxiredoxin Tsa1 in amino acid metabolism and protein biosynthesis”. In dit onderzoek wordt er gewerkt met gistcellen om zo te achterhalen wat de rol peroxiredoxin Tsa1 is.

Een internationale stage is zeker de moeite waard om nieuwe mensen te leren kennen met andere nationaliteiten, zelfstandig te worden, kleren wassen en uitstapjes plannen. Ook ben je verplicht Engels te spreken en schaaf je dus onbewust je Engels bij. Mijn stage was een zeer leerrijke ervaring op vlak van de wetenschap natuurlijk maar ook op vlak van jezelf beter te leren kennen. Op internationale stage groei je zelf als persoon door de vertrouwde omgeving achter je te laten. Ik kan geen reden bedenken waarom een internationale stage de moeite niet waard is. Natuurlijk is de stap zetten om op Erasmus te gaan en zo iedereen en alles voor 4 maand achter laten beangstigend en groot maar je krijgt er heel veel voor in de plaats. Je leert nieuwe mensen kennen van over de hele wereld die dan uiteindelijk je vrienden worden, je leert zelfstandig zijn en je leert er vooral jezelf kennen. Ook zijn er natuurlijk dagen waarop je denkt, had ik nu maar even thuis geweest om vrienden en familie terug te zien. Dit vergeet je dan alweer snel als je

afspreekt met de vrienden om iets te gaan doen. Deze vrienden worden familie, ook al ken je elkaar nog niet zo heel goed.

Testimony Kegong Roland

Bij het aankomen op de campus viel me de serieuze werksfeer van Chalmers onmiddellijk op. Bij de afdeling van Biologie en Chemische wetenschap hebben de laboratoria wat veel toestellen. Deze zijn ook groter en de oriëntatie en de planning was fantastisch. Elk laboratorium kan een totaal van 50 studenten ontvangen. Niet enkel de ruimte is groter, ook het aantal toestellen per student is hier duidelijk stukken hoger.  Er is veel meer interactie tussen student en docenten in Chalmers omdat ze ’s middags samen gaan eten in hetzelfde lokaal, ze communiceren zeer frequent en er is geen afstand tussen de studenten en docenten. De laboratoria voor masters, doctoraten en post-doctoraten studenten lijken kleiner qua volume maar hebben echt grote toestellen. Ik vond het interessant dat de masterstudenten en doctoraten mij kwamen helpen als ik het hun vroeg. Er zijn meer dan 30 laboratoria.

Het welzijn van de studenten is ook zeer belangrijk voor de universiteit. Zo zijn er heel wat faciliteiten zoals sporten, jeugdbeweging, cafés en andere studentenactiviteiten. Als voorbeeld, elke afdeling heeft een tafeltennislokaal. De studenten kunnen gaan ontspannen (tafeltennissen of lopen) en daarna een douche nemen voordat ze terug naar de les gaan. Ook financieel, is het onderwijs gratis in Zweden en de studenten worden maandelijks geholpen met een bedrag. De masters, biotechnologie duurt twee jaar in Zweden in vergelijking met België.

Buiten het schoolmilieu werden er veel internationale verschillen waargenomen. Winkelen, bier, eten, transport en accommodatie in het land is wel duurder. De Zweden hebben nooit gordijnen bij hun thuis. Ze dragen nooit schoenen of pantoffels thuis. Als jij iemand gaat bezoeken, weet je op voorhand dat je je schoenen aan de deur zal moeten afdoen. Zweden babbelen niet veel en nog minder als ze jou niet kennen. Op het werk gaat de communicatie tussen collega’s en medestudenten vlot met veel respect en geen discriminatie! Bijna niemand respecteert het zebrapad en de auto’s wachten meestal op de voetgangers die willen oversteken, brandt het verkeerslicht of niet (dus groen is groen en rood is groen!). Zweden eten graag zaadjes en leven heel gezond. De Zweedse overheid doet veel voor de natuur. De stad van Göteborg heeft een heel groot natuurpark.

Zoekopdracht
Klassiek
Via Map