Search form

Division of Microbial Ecology, University of Vienna, Austria

Contact details
Traineeship proposition
Abstract
Testimony
Admin

Abstract Bachelor Project FBT 2020-2021: Evaluating the impact of antipsychotic drugs on the human gut microbiome by molecular approaches

The human gut microbiome is a complex ecosystem. An imbalanced microbiome has been linked with gastrointestinal conditions and wider systemic manifestations of disease. The development and composition of the gut microbiome are affected by a variety of factors such as commonly used medical drugs, including antipsychotics. This project aims to evaluate the impact of two antipsychotic drugs on the human gut microbiome composition ex vivo by 16S rRNA bacterial gene amplicon sequencing on DNA and cDNA isolated from incubations of human fecal samples in the presence of the drugs of interest. The impact of drugs on major microbiome taxa such as Bacteroidales and Lachnospiraceae was also evaluated using FISH. The innuPREP DNA/RNA mini kit protocol was successfully applied for fecal sample DNA and RNA extraction. The bacterial and archaeal 16S rRNA genes from all of the DNA and cDNA samples were amplified during PCR since there is a band of the expected size after performing an agarose gel electrophoresis, while mock reaction samples (RNA template without the reverse transcriptase) and a negative control (nuclease free water) show no band which confirms there is no amplification of DNA leftovers in the RNA samples. 16S rRNA gene sequencing results are awaited. FISH analyses revealed that biovolume fractions of Bacteroidales-targeted cells were significantly lower in samples amended with antipsychotic drugs than in the control. Statistically significance of biovolume fractions was determined compared to the volume fractions of the control. The bacteroidales-targeted organisms are slightly stimulated at earlier incubation time points by the low concentration of drugs added which is most significant in a complex medium. All other drug conditions reduce Bacteroidales-targets, this reduction being more significant in a minimal medium. One human-targeted drug stimulates the Lachnospiraceae-targets at all timepoints in each medium while the other drug reduces the biovolume fractions of the Lachnospiraceae-targets, more particularly by the high concentration. This hypothesis needs to be confirmed by sequencing data. This study shows that some antipsychotic drugs can have major impacts on the human gut community as whole that should not be ignored. These results will be important to predict the outcome and the side effects that drugs can have on different people.

Address

Biozentrum Althanstrasse, Althanstraße
Austria

Contacts

Fatima Pereira

Testimony Marie Decorte

Een buitenlandse stage in mijn laatste jaar, dat was een van de criteria die op mijn verlanglijstje stond vooraleer ik aan de opleiding biomedische laboratoriumtechnologie begon.

Ik liep stage in een microbieel ecologisch labo aan de universiteit van Wenen. Dit vakgebied was nog redelijk onbekend voor mij, maar mijn stagementor heeft mij meteen onder haar vleugels genomen en mij alle kneepjes van het vak geleerd. In het begin van elke week overliepen we mijn taken en kon ik deze zelf inplannen doorheen de week, waardoor je leert inschatten hoelang je over bepaalde handelingen doet. Door deze te beheersen leer je tevens ook op tijd klaar geraken. Vooraleer ik in het labo aan de slag ging en de planning overlopen werd, werd er uitleg gegeven over de technieken, wat we met deze bepaalde techniek wouden bereiken, de functie van de gebruikte reagentia, waarom we een bepaalde techniek gebruikten en geen andere. Telkens toen ik nieuwe handelingen of technieken moest uitvoeren stond ze aan mijn zijde terwijl ik deze uitvoerde. Indien ik een handeling fout uitvoerde of het op een andere manier kon aanpakken gaf ze mij die feedback waardoor ik de volgende keren perfect wist hoe ik alles correct kon uitvoeren. Na het protocol één keer samen te hebben uitgevoerd moest ik het de volgende keren helemaal alleen doen en stond ze niet meer aan mijn zijde toe te kijken. Doordat ze mij na één keer zelfstandig liet werken heb ik veel bijgeleerd omtrent organisatie, het begrijpen van de stappen, het leren werken met een specifiek toestel of materiaal enzovoort. Naast de technieken en handelingen die ik uitvoerde in het kader van mijn onderzoek voor mijn bachelorproef heb ik ook nog andere taken uitgevoerd. Hierdoor heb ik de kans gekregen om met nog andere toestellen te leren werken en mijn kennis in het labo verder uit te breiden.

De begeleiding van mijn bachelorproef verliep tevens ook vlot. Mijn stagementor leerde mij de manier van schrijven aan, zoals het schrijven van een publicatie gebeurt. Indien ik inhoudelijke als zowel structurele vragen had kon ik altijd bij haar terecht. Tijdens feedbackmomenten leerde ze mij om soms dingen vanuit een andere invalshoek te bekijken waardoor, indien ik tijdens het schrijven vast zat zelf een manier vond om verder te kunnen.

Ik ben heel blij dat ik mijn werkervering internationaal kon beleven. Zo kwam ik in contact met veel verschillende culturen aangezien er in het labo mensen van over de hele wereld werken. Alle collega’s zijn vriendelijk en staan altijd klaar voor anderen. Vooral in het begin van mijn stageperiode kon ik hun hulp goed gebruiken aangezien ik soms nog verloren liep en niet precies wist waar alles stond qua materiaal, hoe de afvalverwerking in elkaar zat, waar ik nieuwe producten kon gaan halen enzovoort.

Elke maandag vond er een zoom meeting plaats waarbij resultaten werden gedeeld. Dit vond ik heel interessant aangezien je zo weet waar andere onderzoeksgroepen in het labo mee bezig zijn. Tijdens deze momenten leerde ik tevens ook hoe een goede presentatie wordt uitgevoerd, hoe deze is opgebouwd en welke structuur gehanteerd wordt.

Ik heb deze stage als zeer positief ervaren. De onderlinge relatie die ik had met mijn stagementor was zeer aangenaam. Ik vond het heel leuk dat ik met mijn stagementor over van alles en nog wat kon babbelen. Ik voelde dat ik beschouwd werd als een collega wat een fijn gevoel creëerde. Aangezien alles bespreekbaar was moest ik nooit bang zijn iets te vragen.

Zoekopdracht
Klassiek
Via Map