Search form

Avans University of applied science

Contact details
Traineeship proposition
Abstract
Testimony
Admin

Abstract Bachelor Project 1 FBT 2018-2019: Cloning and characterization of new recombinant cashew allergens

Food allergy is a large problem in Western countries. Interestingly, there is still a lack of information regarding individual food allergens. For instance, only three cashew allergens have been identified so far and cashew Bet V 1-like allergens and oleosin allergens are not described yet. Recently using RNA-sequencing, five new possible cashew allergens have been detected and cloned in a pGEM-T vector. The aim of this study was to re-clone and characterize these five new recombinant cashew allergens into a pET16b expression vector. Re-cloning was performed using the Gibson assembly technique and all allergens gave a positive transformation result. To be sure that the sequences of all five allergens were correctly incorporated in the vector, clones were subjected to Sanger Sequencing. Furthermore, recombinant allergens were expressed and analyzed using LC-MS/MS. For the five clones, 100% homology with the original vector was found, but for all clones a minimum of peptides have been found with LC-MS/MS. After cloning, proteins were expressed and demonstrated with SDS-PAGE. All clones resulted in a protein that is specific for the allergen and these were used for LC-MS/MS. To identify these proteins as a potential source of food allergy, western blots with specific PR10 or oleosine antibodies were subsequently examined. Three out of five allergens gave cross-reaction with the antibodies.

Another experiment was performed using sera of two different volunteers, one positive and one negative sample for cashew allergy. Bet v 1 showed reactivity with the positive sample, like Pru av 1.0101, but showed a weaker affinity for the five cashew allergens. We therefore conclude that all allergens were successfully cloned and in one volunteer with pollen allergy there were found antibodies against the new recombinant cashew allergens.

 

Abstract Bachelor Project 2 FBT 2018-2019: CONVERSION OF GFP TO BFP WITH THE AID OF CRISPR-CAS9 GENOME EDITING

The CRISPR-Cas9 system is a multifunctional genome editing technology that operates in human cells, animals and plants based on the RNA-programmed DNA cleaving activity of the Cas9 protein. The repair mechanisms of cells, make it possible to switch off specific genes by non-homologous end joining (NHEJ) or to replace a gene with a specific DNA sequence by homology directed repair (HDR). The ratio HDR/NHEJ is very low. To further investigate this ratio,a CRISPR-Cas9 model system was set up with K562 green fluorescent protein (GFP) positive cells. The purpose of this model system is to succesfully switch off GFP by NHEJ and converse GFP to blue fluorescent protein (BFP) by inserting a repair template by HDR. Two plasmid vectors were used, pX330 and pX459, to express the Cas9 protein but lack the sequence for the guide RNA. The plasmid were digested with BbSI and then ligated with the designed guide RNA insert. Transfection of K562-GFP cells with pX330 and pX459 constructs was performed by nucleofection, using a NEON Transfection System by ThemoFisher Scientific and a Nucleofector 2b device by Lonza. Ten days postnucleofection a maximum decrease of GFP was achieved (~40% using the Nucleofector 2b device using 1 000 000 cells and ~90% using the NEON Transfection System using 100 000 cells). Based on this knowledge another test was performed by using the HDR repair template. Likewise a maximum decrease of GFP was achieved ten days pos tnucleofection together with the development of a BFP positive population (~2% using the Nucleofector 2b device and 4% using the NEON Transfection System). These results proved that the use of the model system was succesfull. The GFP protein has been shut and at a low level been conversed to BFP through gene editing. This set up can be further optimised in the future to chance the NHEJ/HDR ratio to obtain a higher percentage of BFP positive cells.

Address

Lovensdijkstraat 63
4818 AJ Breda
0031765258283
Netherlands

Contacts

Traineeship supervisor
Martie Verschuren
mcm.verschuren@avans.nl

Testimony Sarah Beel

Avans Hogeschool, Breda, Nederland

Toen ik begon met de opleiding Biomedische laboratoriumtechnologie, was het nooit mijn bedoeling om een buitenlandse stage te volgen. Eens het moment aanbrak om een keuze te maken qua afstudeerrichting en stageplaats, kwam er toch een kleine twijfel op om een stage te doen in het buitenland. Na lang piekeren en verschillende stageplaatsen te vergelijken en overwegen, kwam de herinnering aan mr. Verschuren naar boven, die in het begin van het tweede jaar een presentatie kwam geven in verband met voeding en de verschillende projecten die uitgevoerd worden in AVANS Hogeschool. Ik herinnerde mij dat deze man enorm enthousiast overkwam en duidelijk maakte dat er op AVANS een waaier aan verschillende projecten beschikbaar was, waarmee stagiaires aan de slag konden gaan. Vanaf dat moment was mijn beslissing gemaakt en was de administratieve trein voor een buitenlandse stage vertrokken. Na het in orde brengen van de verschillende documenten en een tussentijds Skypegesprek met Martie, kon ik met een gerust hart uitkijken naar de stage.

Ook al waren alle documenten in orde, er was nog een struikelblok die overwonnen moest worden, namelijk het verblijf. In Nederland kan het enorm lastig zijn voor buitenlandse studenten om een huisvestiging te vinden, zeker als je dit online probeert te regelen. Daarom zijn we dan ook in de kerstvakantie naar Breda getrokken en hebben wij daar in een dag een kamer gevonden met veel geluk. Het is de kunst om mensen rechtsreeks aan te spreken en met de deur in huis te vallen. Wanneer je dit doet, zijn Nederlanders meteen bereid om je te helpen, ook al kan dit soms minimaal zijn. Dankzij deze hulp en de vriendelijke mentaliteit heb ik een ideale kamer gevonden die nog dicht gelegen was bij AVANS én het centrum van Breda.

11 februari was het zover, de eerste dag stage. Met een klein hartje was ik toegekomen, samen met mijn studiegenote Ellen, in AVANS. Na kennismaking met Martie en Margaretha (onze begeleiders), was dit gevoel bijna meteen verdwenen. Na een rondleiding door de labo’s en een voorstelling aan het personeel, werden de projecten toegelicht. Ik had de keuze gemaakt om het project uit te voeren waarbij CRISPR-Cas9 het thema was. Met een beperkte kennis van CRISPR-Cas, ben ik aan mijn project begonnen. Bij het doorzoeken van de literatuur werd duidelijk hoe belangrijk en ingenieus dit systeem kan zijn waardoor mijn interesse in het project alleen maar groter werd. Een hele reeks aan technieken en apparaten hebben ervoor gezorgd dat mijn kennis in een korte tijd enorm uitgebreid werd. Enkele voorbeelden zijn Sanger Sequencing, flowcytometrie, opstarten van verschillende cellijnen, fluorescentiemicroscopie, transformatie van cellen, DNA analyse etc. Wanneer je een stage volgt bij AVANS, dan kan ik je verzekeren dat je voldoende in contact zult komen met verschillende technieken én ook projecten. Binnen het team van stagiaires is er interesse in ieder zijn project en word je ook op de hoogte gehouden dankzij de meerdere werkbesprekingen waarbij enkele stagiaires een update geven over hun project. Verder is er een optimale begeleiding van zowel Martie als Margaretha, vooral als je laat blijken dat je interesse hebt in het onderzoek en er niet van terug deinst om te laten tonen dat je hard kan, en nog belangrijker, wilt werken. Dankzij mijn doorzettingsvermogen en motivatie om zo ver mogelijk te komen in mijn project, is de band tussen mijn begeleiders en ik enorm sterk geworden. Dankzij deze band waren wij na twee maanden op elkaar ingespeeld waardoor er dan ook een aangename samenwerking was tussen stagiaire en begeleider.

Gedurende de stage heb ik niet alleen veel kennis opgedaan, maar is mij ook duidelijk geworden hoe mooi en leuk Breda wel kan zijn. De mentaliteit van de inwoners is ook eerder familiaal en dit merk je dan ook wanneer je door de stad wandelt. Het is niet abnormaal dat je wel eens een babbeltje doet met een voorbijganger in vb. het Valkenbergpark. Verder is iedereen in Breda ook enorm milieubewust waardoor een gezellige en propere sfeer heerst binnen het centrum. De stad zelf is ook studentvriendelijk dankzij de vele plekjes waar studenten iets kunnen drinken of eten op basis wat hun budget toestaat. Ook al is Nederland een van de duurdere landen om een buitenlandse stage te volgen, toch zijn er genoeg alternatieven die ervoor zorgen dat het financieel zeker en vast leefbaar is. Op het gebied van eten en activiteiten zijn er voldoende mogelijkheden aanwezig die ervoor zorgen dat je een leuke tijd hebt in de stad. Persoonlijk heb ik wekelijks tussen de 70 à 100 € besteed aan eten en activiteiten.

Ben je op zoek naar stageplaats die een plekje in je hart eens en voor altijd zal innemen, dan is AVANS Hogeschool Breda de ideale locatie! Dankzij de verworven kennis, opgedane vriendschappen/contacten en onvergetelijke momenten, heb ik de plaats met een brok in de keel achter moeten laten eens de stage tot een eind kwam. Twijfel je voor een stage in het buitenland? Dan is AVANS Hogeschool zeker en vast een aanrader.

Webblog: https://sarahbeel.wixsite.com/mijnsite

Testimony Ellen Reubens

Als ik mijn stage in één woord zou moeten omschrijven: ONVERGETELIJK!

Ook al ben ik maar net over de grens naar Avans hogeschool gelegen in het mooie Breda, geweest om mijn stage uit te voeren, het is er één om nooit te vergeten. Eerst wou ik richting Noorwegen, Finland of Engeland trekken, maar het is geen vakantie. Omdat voeding een van de onderwerpen is die centraal staat in Avans hogeschool, ben ik vooral gaan beseffen dat het onderwerp uiteindelijk wel het belangrijkste is. Je moet er tenslotte 16 weken aan werken! Natuurlijk is de natuur van Finland of Noorwegen zeker een pluspunt om te zien. Ook al vind ik dat Breda, voor de kleine stad die het maar is, zeker de moeite om naar eens naartoe te gaan. Toen ik zelf het centrum van Breda ben gaan ontdekken viel meteen op dat er een warme sfeer heerst over de stad. Het was een zonnige dag en dan komt iedereen buiten om er eentje gezellig te drinken op een terrasje of gezellig te genieten in het park.

Ik kon me ook geen betere stageplaats voorstellen dan aan het lectoraat Analysetechnieken in de Life Sciences in Avans. Ik voelde er mij meteen op mijn gemak, omdat de collega’s en mede-stagiairs zeer sociaal zijn en altijd klaar staan om vragen te beantwoorden. Ook de band die ik had met mijn begeleider Martie en mede-begeleidster Margaretha had ik nooit kunnen dromen. De uitstapjes, zoals samen squashen, gaven zowel Sarah (medestudent) als ik direct een vriendschappelijke band met onze begeleiders.

Zoals ik in het begin ook aanhaalde, een ervaring die ik voor altijd zal blijven herinneren en met plezier naar ga terugkijken. Wat zal ik deze tijd in Breda missen!

Webblog: https://ellenbreda.jouwweb.be/

Zoekopdracht
Klassiek
Via Map