Search form

Montpellier, Institut de Recherche en Biothérapie / Laboratoire de Biochimie-Protéomique Clinique

Contact details
Traineeship proposition
Abstract
Testimony
Admin
Stageonderwerp 2010-2011:
Connaissance, qualités et compétences à acquérir :
- Connaissance et utilisation des logiciels Excel, Acces et MedCalc.
- Connaissance et utilisation du logiciel Bio-Rad de protéomique : SELDI Biomarker Wizard.
- Programmation en VBA.
- Relation de travail avec les autres membres du laboratoire, les cliniciens et les ingénieurs informatiques
 
Programme détaillé de la période de stage et  Tâches du stagiaire:
1) Etude du contexte médical et scientifique
- connaissance de l’organisation de l’IRB et du CHRU de Montpellier
- étude du cheminement de l’information dans les programmes de protéomique clinique et de biobanque du laboratoire.
2) Optimisation et organisation des bases de donnée clinique du laboratoire.
- homogénéisation des données prises en charge par les différents logiciels utilisés.
- établissement de masque de saisie et d'interrogation de bases de données.
3) Analyse des données protéomiques avec logiciel existant et avec programmation.
- programmation (VBA…) d’analyses et de combinaison (ROC multiple et algorithme linéaire) des données clinique et protéomiques.
Abstract Bachelor Project FBT 2018-2019: Identification of IgA1 with anomaly of glycosylation by LC-HRMS for renal impairment of Rheumatoid Purpura

Background: IgA nephropathy is the most common primary glomerulonephritis in the world. It frequently leads to end-stage renal disease, as there is no disease-specific therapy. Henoch Schönlein Purpura is the most common vasculitis in childhood. Histological features of HSP with nephritis are pathologically indistinguishable from those of IgAN, suggesting that the two entities share mechanisms of disease. These diseases are characterized by an aberrant form of IgA1, which has a lack of galactose. The galactose-deficient form of IgA1 in this form is obtained by a wrong O-glycosylation.

Aim: The objective of this study is to use mass spectrometry for the detection of IgA1, with possibly a glycosylation anomaly. This is done in function of the renal impairment of children's Rheumatoid Purpura. The detection of IgA1 that results in interpretable peaks is the main goal of this project, with the prospect of finding IgA1 with glycosylation anomaly in patient samples in the future. This could enable the identification of non-invasive disease-specific biomarkers as well as the development of future disease-specific therapies.

Methods: To obtain peaks that were predominately IgA1, a washing step with capture select is first performed. After this, the proteins in the samples are reduced, alkylated and digested into peptides. The samples with peptides still contains salts and buffers, so these are washed off in a peptide cleanup. After these steps, the samples are clean and ready to inject in the LC-MS. This LC-MS contains a nano LC coupled to a Q-TOF MS system. The experiment was started with BioRad standards and continued with cryo plasma. Also a few patient samples were measured.

Results: A large range of peaks was detected, both in the standard and in the cryo plasma. This confirmed that the conducted protocol could be tested on patient samples. Numerous peaks were found in the plasma of patient samples as well, but no clear link between the characteristics of the O-glycopeptides and the status of the patient samples could be found yet.

Conclusion: The goal to reach a protocol and qualify O-glycopeptides in standards and cryo plasma is succeeded. The O-glycopeptides are also qualified in the patient samples but a biomarker hasn’t been found yet. The continuation of testing on patient samples is needed to find this biomarker for the disease of HSP. This experiment had a high repeatability but a low reproducibility. New experiments are required to discover the source of this low reproducibility

 
Abstract bachelor project 2017-2018: Quantification of Tau and NFL in plasma as possible biomarkers for Alzheimer Disease

Background: The Alzheimer’s disease (AD) is the most common form of dementia with clinical symptoms normally appearing from the age of 60. AD is being diagnosed by magnetic resonance imaging scans and by the quantification of biomarkers in the cerebrospinal fluid (CSF). Taking a CSF sample is an invasive procedure which cannot be repeated several times. Therefore it is difficult to follow up the disease.

Aim: The aim of this bachelor project is to find good plasmatic biomarkers for the diagnosis of AD. By finding biomarkers in plasma, the diagnosis and follow up could be easier and less invasive for the patients. In this study, Tau and Neurofilament Light (NFL) are being quantified in plasma. This at the time of inclusion and after 24 months to follow up the disease.

Methods: In this bachelor project, 347 patients are included. Each patient has two plasma samples, one at the time of inclusion (M0) and one after 24 months (M24). Tau is being measured in the samples at M0 and NFL in both M0 and M24 samples. To quantify the biomarkers Tau and NFL, a single molecule array (Simoa) is used. This fully automatized technique is based on a digital ELISA.

Results: The results of the quantification of plasmatic Tau showed a significant difference between AD and mild cognitive impairment (MCI). However there was still a big overlap between the different diagnostic groups. The quantification of NFL showed significant differences between patient samples at M0 and M24 in each diagnosis. There is also a clear tendency in the progression of the neurodegeneration in each diagnostic group.

Conclusion: Plasmatic Tau cannot be seen as a good biomarker to differentiate AD from MCI because of the big overlap in results. But it can be interesting to quantify Tau also in plasma samples from after 24 months to see of Tau is a good biomarker for the progression of the disease. NFL is also not a good biomarker to differentiate the diagnoses because of the overlap, but NFL does seem to be a good biomarker to follow up the neurodegeneration that takes place. For in a next study, samples from after 48 months should be included to see the further progression of the disease.

Abstract bachelorproef 1 2015-2016The BALTAZAR project: detection and quantification of amyloid peptides, BACE1, TACE and Cathepsin D in the cerebrospinal fluid of patients with AD and MCI

Background: Alzheimer’s disease (AD) is a neurodegenerative disease, which in its early clinical form corresponds to mild cognitive impairment (MCI). Due to an increasing life expectancy, these diseases are rapidly growing socioeconomic and medical problems. Although these diseases are very common, the diagnosis is time-consuming and involves several tests. By identifying new biomarkers, the diagnosis of AD or MCI would be much easier.

Aim: AD is characterized by amyloid plaques (consisting of Aβ-40 and Aβ-42), causing the typical cognitive changes. Three enzymes play an important role in the formation of amyloid: BACE1, TACE and CatD. The aim of this bachelor project is thus to investigate a possible relationship between these enzymes/Aβ-40/Aβ-42 and AD/MCI. This investigation is a part of the Biomarker of AmyLoid pepTide and AlZheimer’s diseAse Risk (BALTAZAR) project, which objectives are to find the relationship between several biomarkers (in plasma and cerebrospinal fluid) and AD/MCI.

Methods: 445 human cerebrospinal fluid (CSF) samples from patients are used in this study. Two different measuring methods are performed: ELISA test for BACE1, Aβ-40 and Aβ-42, and enzymatic activity measurement with a FRET-peptide for TACE and CatD. The tests for BACE1, Aβ-40 and Aβ-42 are fully automatized and executed on the EUROIMMUN® Analyzer I-2P, while tests on TACE and CatD are done manually.

Results: Due to a lack of time, BACE1 is not tested and only 152 samples are investigated for Aβ-40 and Aβ-42. TACE and CatD are first tested on 90 samples to verify if there is a relationship. The results for both TACE and CatD show slightly higher values for samples with AD and MCI with conversion. These results indicate that the enzymes have an influence on the risk of conversion from MCI to AD. For Aβ-40, low values are seen for samples with AD, but identical values for MCI with and without conversion, meaning Aβ-40 has no influence on the risk of conversion. However, for Aβ-42, low values for AD and especially for MCI with conversion are obtained. This difference between MCI with and without conversion indicates Aβ-42 has a strong influence on the risk of conversion. The effect of freezing-thawing is also tested and show that there is an influence on TACE and CatD.

Conclusion: Three potential biomarkers are found to predict the risk of conversion from MCI to AD: TACE, CatD and Aβ-42. However, because of the little difference between MCI with and without conversion for TACE and CatD, these enzymes can not be used as a single biomarker to predict this risk. By testing more enzymes and peptides, a panel can be composed to predict the risk of conversion more accurately. Also, it seems that Aβ-42 is an excellent biomarker to predict the risk, due to the large difference between MCI with and without conversion. Because Aβ-42 is the first Aβ-peptide that is drawn away from the CSF into plaques, it is the earliest biomarker if MCI will converse or not. The process of freezing-thawing has an influence on TACE and CatD because the enzymatic activity is measured. Thus, these enzymes need to be tested first.

Abstract bachelorproef 2 2015-2016Development of a trypsin-digestion quality control, for the quantitative mass spectrometry detection of proteins in biological fluids

Aim + Background – The MS detects peptides but how to ensure the detection and obtained data are correct? Therefore an IQC is spiked in the samples. Ovalbumin is chosen because it is pure, available in large quantities, absent in the human body and has an ideal sequence. The aim is to find a peptide of ovalbumin that can be detected with a good repeatability and a great quantity. To do so, ovalbumin must be validated, on the Q-TOF-MS and QqQ-MS, before it can be used as an IQC. Therefore, ovalbumin is digested to see which peptides can be detected and what kind of modifications are present. Due to the obtained modifications, the complexity of the samples increases, a higher interference is obtained and the sensitivity decreases. This results in a low precision and quantification (bad peptide candidates). Another aim is thus to control and limit the modifications to have better results. The peptides that obtain good results are studied more closely to find the best peptide, which involves changing the digestion time. The best peptide will be used as an IQC in human protein samples (biological fluids).

Methods – The proteomics workflow includes the in-solution digestion procedure (denaturation/alkylation/dilution/digestion/clean-up/speedvac/peptide resuspension/vial transfer/LC injection). This is a necessary manipulation (proteins become peptides) before a MS-based quantification is performed. The digestion is stopped with formic acid, after 30 min, 1 h, 2 h, 4 h, 14 h, 22 h and 48 h incubation. Thereafter, a clean-up from the sample peptides is performed with the Agilent® AssayMAP Bravo. When the pre-treatment of the samples is finished, the samples are analyzed with the Q-TOF-MS or QqQ-MS. Also, the repeatability of the peptides is tested and the detectability in plasma. Therefore, the following concentrations of ovalbumin are tested in 2 µL of plasma: 0,25 ng/µL; 1 ng/µL; 2,5 ng/µL; 10 ng/µL; 25 ng/µL; 50 ng/µL and 75 ng/µL.

Results – Seven peptides are obtained with several modifications, giving a total of twenty possible IQC’s. Thanks to the obtained graphs, a difference between the digestion times can be seen. Results obtained at 22 h or above, mostly give a lot of modifications. However, the quantities of the “no PTM forms” are high enough to be an IQC. A digestion time of 4 h or beneath gives less modifications but the obtained quantities of the “no PTM forms” are not always optimal. The best digestion time is thus at 14 h, which has mostly a great quantity and not much modifications. Thanks to the achieved information of the repeatability of ovalbumin and the detectability in plasma, a peptide selection can be made. The three lowest concentrations of the latter experiment are too low to detect any peptide of ovalbumin in plasma. A higher concentration results in an increased detectability of the peptides. However, 50 ng/µL gives better results than 75 ng/µL.

Conclusion – Thirteen possible IQC’s are not stable or detectable in plasma, which means only seven possible IQC’s are left to be studied. These are further studied in the future on the QqQ-MS, which is able to eliminate more possibilities. However, the best possible IQC at this moment is the “no PTM form” of peptide 123-142 because it is detectable in plasma and the variation percentage is the lowest for this possible IQC. Also, other biological fluids must be tested in the future, such as saliva, urine and serum.

 
Samenvatting eindwerk 2010-2011: Etablissement d’un logiciel de suivi clinique et biologique de prélèvements stockés dans une Biobanque
Ce projet vise à créer dans Access un logiciel de traitement des données biologique et cliniques de patients suivis au CHRU de Montpellier. Ces données comprennent des renseignements comme le nom, le prénom, le date de naissance, la présence d’un consentement, le diagnostic, … .
Le logiciel sert à entrer les données, à faire des recherches multicritères sur la base de données. Seul la version Access 2000 est disponible au CHRU aussi c’est ce qui à été utilisé ici.
Pour tester, on a importé des données existantes dans le logiciel. Parmi les fonctionnalités du logiciel nous pouvons citer :
  • Ajouter des nouveaux patients,
  • Recherche des prélèvements par Numéro Code,
  • Recherche des prélèvements par N° Galaxy,
  • Recherche des prélèvements par d’autres paramètres,
  • Mettre à jour des patients,
  • Visualiser toutes les données,
  • Exporter dans Excel,
  • Imprimer l'information souhaitée,
  • Est protégé par un mot de passe, lié à des autorisations différentes,
  • Possède un journal qui permet de suivre les modifications,
  • A un manuel d’utilisation.

Address

CHRU de Montpellier, Hôpital Saint-Eloi, 80, av. Augustin Fliche
34295 Montpellier Cedex 5
+ 33 4 67 33 71 23
France

Contacts

Traineeship supervisor
Bernard Klein
Traineeship supervisor
Prof. Sylvain Lehmann
s-lehmann@chu-montpellier.fr
Jérôme Vialaret

Getuigenis internationale stage (Elise)

Wanneer ik terugblik op mijn leven in het zuiden van Frankrijk, krijg ik een warm gevoel vanbinnen. Als ik de vraag krijg hoe ik het dáár ervaren heb, kan ik enkel zeggen dat ik dáár oprecht gelukkig was.

Ik begon aan iets in mijn eentje, zonder verwachtingen. Maar stiekem hoop je dat het fenomenaal plezant wordt. Ik begaf mezelf op onbekend terrein met een hele hoop Erasmus-clichés in het achterhoofd. Ons moeder was in ieder geval opgelucht dat ik me na 16 weken niet verloofde met één of andere Aziaat om dan vervolgens naar de andere kant van de wereld te vertrekken, voorgoed.

Maar inderdaad, zoals men wel eens zegt, de eerste weken was ik niet op mijn gemak. Mijn weg had ik al snel gevonden, maar contacten leggen verliep iets stroever. Uiteindelijk liep dat allemaal los, als ik me maar voldoende openstelde. Zo heeft elke stad zijn platformen en zo bleek de ‘Erasmus Student Network’ Facebookpagina van Montpellier vrij populair te zijn. Algauw leerde ik een hele hoop studenten kennen van alle hoeken van de wereld, inclusief een dozijn Belgen.

Maandenlang leefden en overleefden we samen, deelden we lief en leed, deden we enkel dingen waar wij goesting in hadden. We leefden een leven dat we vrijblijvend zelf konden uitstippelden. Die onafhankelijkheid, curiositeit en eigenwijsheid: het kon, het mocht en ik genoot er met volle teugen van. Let op, er waren ook verplichtingen. Zo zette ik me keihard in voor mijn stage en bachelorproef, wat de kers op de taart van mijn opleiding was. Maar eens terug in België kon ik zo voelen dat een maatschappelijk stramien me stond op te wachten. Die typische sfeer, die niet te omschrijven valt, was weg. Toch verliep het afscheid minder zwaar dan verwacht. Iets in me zei dat de vriendschapsbanden niet oppervlakkig zouden worden, waardoor ik met een grote gelach en krokodillentraantjes ‘A bientôt’ riep voor ik de TGV opstapte. Dit was en is helemaal waar. Dankzij WhatsApp, Skype en Facebook kunnen we heel nauw in contact blijven met elkaar. Bezoekjes en reünies vonden al plaats en verjaardagswensen, kerstkaarten en onverwachtse postpakketjes maken me intens gelukkig. Ik heb veel respect, dankbaarheid en voldoening gekregen op mijn stageplaats. Samen met mijn internationale en Belgische vrienden maken we concrete plannen voor morgen, dromen we over de toekomst en koesteren we herinneringen voor eeuwig en altijd… 

Link blog: https://eliseatmontpellier.wordpress.com/

Testimony Jana Kindermans

Ik zal meteen met de deur in huis vallen: op internationale stage naar Montpellier gaan was één van de beste beslissingen in mijn leven. Ik had mijn twijfels voor ik vertrok maar die waren helemaal niet nodig. Laten we beginnen met Frankrijk zelf: het land van kaas, wijn en gele hesjes (ja, tot op de dag van vandaag protesteren er nog iedere zaterdag gele hesjes, ook in Montpellier). Het op twee na grootste land in Europa met Emmanuel Macron als president kan niet besproken worden als één geheel. De verschillen tussen het noorden en zuiden zijn te groot, daarom zal ik enkel over het zuiden hebben. Ten eerste, het weer is hier zalig: mediterraan klimaat met zachte winters en hete zomers. Als Belg zijn deze hete zomers wel wat moeilijk om aan te wennen (en ik heb het ergste hier nog niet meegemaakt), maar ik zal niet klagen. Ten tweede is de mentaliteit hier super, ik zal het op z’n Frans zeggen: à l’aise.
In het zuiden heb je enkele grote steden zoals Marseille, Toulouse en Nice. Daarnaast vergeleken is Montpellier met zijn 255.000 inwoners toch wat kleiner, maar daarom niet minder mooi. De stad telt zo’n 55.000 studenten en kan daarmee ongeveer vergeleken worden met Gent (behalve dat het stadscentrum toch wel een stuk kleiner is). Een van de meest gekende faculteiten hier is ‘Faculté de Médecine’. Het hart van deze stad is het plein ‘Place de la Comédie’, je vind er altijd stadsmuziekanten of andere straatartiesten, allerlei restaurants en bars, een park vlakbij… Verder bestaat het historisch stadcentrum uit heel veel gezellige smalle straatjes, met op iedere hoek wel een interessante winkel of bezienswaardigheid. Het ligt ook dicht bij de kust, dus ideaal om af te koelen tijdens de hete zomerdagen.
Mijn stageplaats was een labo in het CHU (Centre Hospitalier Universitaire) in de wijk St Elois. Mijn afdeling was het PPC (Platforme de Protéomique Clinique) en is de partner van verschillende klinische onderzoeksprogramma's om biomarkers te detecteren met behulp van massaspectrometrie en ELISA-technologie. De collega’s zijn één voor één vriendelijk en behulpzaam, ook al kwam dat wat moeilijker op gang. Dit lag aan het feit dat een groot deel van hen niet zo goed was in Engels en ik was dan weer niet goed in Frans. Maar gaandeweg werd dit communicatieprobleem opgelost, mijn Frans is op korte tijd veel verbeterd en ook hun Engels is erop vooruit gegaan. Ik deed onderzoek naar antilichamen (IgA1 specifiek) in de ziekte van Henoch Schönlein Purpura. Deze antilichamen, meer specifiek de misvormde structuren, zouden een rol spelen in deze ziekte. Hiervoor maakte ik gebruik van hun massaspectrometrie-technieken. Ik heb voornamelijk gewerkt met hun LC-MS (liquid chromatografie – massaspectrometrie) dat een nanoLC had, gekoppeld aan een QTOF MS systeem.
Voor mijn vertrek had ik slechts één probleem: het vinden van een accommodatie in Montpellier. Ik raad aan om hier meer dan op tijd mee te beginnen. Mijn zoektocht naar een kamer begon zes maanden voor mijn vertrek, maar slechts tien dagen voor vertrek heb ik het contract voor mijn huidige kamer ondertekend. Zoals ik eerder zei, gaat alles hier rustig z’n gangetje zonder dat mensen zich te veel opjagen. Dit had dan wel een negatief effect op mijn zoektocht naar een kamer, maar het is me uiteindelijk toch gelukt. Ik zit niet op kot, maar huur een kamer in een appartement samen met nog drie andere personen. Dit noemen ze hier een ‘colocation’, dus samen een huis/appartement delen. Deze kamers waren pas gerenoveerd en hadden elk een eigen douche, ik had ook een terras aan de kant waar de zon het langst scheen, dus deze kamer was ietsje duurder dan de meeste: €430. Voordeel van deze kamer was dat ik mijn eigen douche had, dus ik moest op niemand wachten of ban zijn voor een vuile badkamer. Je hebt geen last van studenten die tot in de vroege uurtjes lawaai maken terwijl je wil slapen. Nadeel is dan wel weer dat je minder sociaal contact hebt dan op kot, maar dit compenseerde ik door lid te worden van de Erasmusgroep in Montpellier (bijna iedere week waren er wel een aantal activiteiten of feestjes). Het ligt ook niet in het stadscentrum maar dit was ook niet zo erg, met de tram is het slechts tien minuten tot je in het centrum bent.
Hier heb ik een ruwe schatting gemaakt van het budget dat je nodig hebt.
 Kamer: €350-400/maand (als je goed uitkijk naar een kamer kan je wel goedkoop iets vinden, jammer genoeg waren al deze goedkope kamers al weg voor ik een kamer zocht)
 Eten en drinken: €200-250/maand (Dit zal wat meer zijn als je graag ergens gaat eten of drinken natuurlijk.)
 Tram: €28/maand (Dit is een studentenabonnement bij TAM, je kan er alle trams en bussen mee gebruiken. Koop deze zeker als je praktisch iedere dag de tram gebruik, het komt veel voordeliger uit. Zorg er ook zeker voor dat je altijd een ticket of abonnement hebt want er worden heel regelmatig controles uitgevoerd op de tram.)
 TGV: €20-100/rit (Dit is te zien welke dagen je neemt en welk uur je vertrekt. Ook de plaats van het vertrekstation kan veel verschil maken. Ik stapte namelijk op in Tourcoing in plaats van Lille en hiervoor betaalde ik maar €20 om naar Montpellier te gaan)
Ik zal ook een lijstje geven met de dingen en plaatsen die de moeite zijn om te doen/bezoeken.
 Promenade du Peyrou: dit park is echt gezellig om in rond te wandelen, iets te drinken met vrienden of om van het uitzicht te genieten. Ieder weekend is er ook een typisch Franse markt waar je kaas, brood, groenten… kan kopen en vaak is er ook een rommelmarkt. Dit kan je vinden als je het aquaduct volgt en de trappen naar beneden neemt.
 L’Arc de Triomphe: Als je verder doorloopt van Promenade du Peyrou richting het centrum, passeer je L’Arc de Triomphe van Montpellier. Interessant om te zien, zeker wanneer de zon onder gegaan is.
 Jardin des Plantes: deze tuin is dan wel niet de meest onderhouden botanische tuin in Frankrijk, maar als je een ontspannen wandeling wil maken in een mooie omgeving is dit toch wel een goede plaats (en het is gratis)
 Fise: dit jaar vond Fise plaats van 29 mei tot 2 juni. Dit is een soort festival maar dan voor extreme sporten zoals skateboarden, wakeboarden, BMX, rolschaatsen, parkour… Ook dit is gratis en op een toplocatie, echt de moeite waard om te gaan bekijken (ook al ligt dit minder in je interesses).
 Cubanito Café: dit is mijn favoriete bar hier in Montpellier. Een superleuke salsabar met gratis salsalessen voor beginners op donderdag, met goedkopere cocktails (vergeet zeker je studentenkaart niet, hiermee krijg je korting) en zalige muziek.
 Stadscentrum: Verken het historisch stadscentrum zeker eens zonder een kaart of Google Maps te gebruiken. Je let op meer dingen en het is niet moeilijk om je weg te vinden als je een beetje gevoel voor richting hebt. De smalle straatjes zijn echt leuk om doelloos rond te lopen en te genieten van het weer en de sfeer die er is.
Er werd mij gevraagd om ook enkele pro’s en contra’s op te sommen van internationale stage. Ik zal beginnen met de kortste lijst: contra’s. Veel kon ik hier niet bedenken, behalve de mensen die je mist aan het thuisfront (ik had hier minder problemen mee dan verwacht, maar soms mis je ze wel eens). Als pro’s heb ik een hele waslijst. Eerst en vooral de vrienden die je hier leert kennen en het plezier dat je samen maakt is echt super. Ik heb ook veel meer geleerd zelfstandig te leven (dit is nog anders dan op kot gaan, je doet echt alles zelf, er zijn geen ouders die je was doen of je lekkere maaltijden meegeven). Dit zal zeker van pas komen als ik alleen zal gaan wonen. Ook de cultuur en (voor mij toch) taal die je bijleert is zeker ook een voordeel. Hier heb ik ook vooral geleerd hun mentaliteit van het zuiden wat over te nemen: minder te stressen, alles komt op z’n tijd. Het is gewoon een ervaring waar je bijleert over anderen, maar ook over jezelf. Aan iedereen die z’n twijfels heeft (zoals ik in het begin): niet twijfelen en gewoon doen, deze ervaring zal je altijd bijblijven!

Webblog: https://janakindermans2.wixsite.com/montpellier?fbclid=IwAR2_0AOVNHEs1BWCeb0PoVaIIUxeRicK2A8ShUG63Hn5-iSK6Q5A7DlOqtA

Zoekopdracht
Klassiek
Via Map