Search form

University of Pretoria, departement of biochemistry, Malaria Parasite Molecular Biology

Contact details
Traineeship proposition
Abstract
Testimony
Admin

Abstract Bachelor Project FBT 2018-2019: In vitro screening of extracts of plants against sexual and asexual stages of Plasmodium falciparum

Malaria is one of the major global health challenges causing over 219 million clinical cases in 2017. This disease is caused by protozoa of the genus Plasmodium with P. falciparum parasite accounting for 90 % of the clinical malaria cases globally. Emergence of drug resistant Plasmodium parasite strains demands for introduction of novel drugs with new modes of action (MoA).

While encouragingly the drug development field in malaria has seen trials on new drugs with novel MoA, in the past decade no new chemotherapeutic agents have been approved for clinical use. Historically plants have served as a source from which antimalarial drugs such as quinine and artemisinin have been isolated. Both these compounds have served as scaffolds from which derivatives such as chloroquine and dihydroartemisinin have been produced. Against this background, the aim of this study was to identify South African plant extracts with in vitro activity against both the intra-erythrocytic sexual (for transmission-blocking efforts, TCP-5) and asexual (for therapeutic efforts, TCP-1) Plasmodium parasite stages. Different extracts of plants were screened in vitro against intra-erythrocytic sexual (late stage gametocytes, stage IV and V) and asexual P. falciparum parasites.

Extract of plants were screened in vitro against intra-erythrocytic asexual and late stage gametocyte of P. falciparum parasites using the SYBR Green I assay (to measure asexual stage parasites proliferation) and parasite lactate dehydrogenase (pLDH) assay (for measuring gametocyte viability). The half-maximal inhibitory concentration (IC50) was extrapolated from full- dose response curves of each extract investigated.

Detailed results cannot be described here due to a signed confidentiality agreement with the University of Pretoria, however the results from the study showed extracts to have good activity (IC50 value of less than 10 µg/ml) against both asexual and gametocyte stages of P. falciparum.

Abstract Bachelor project FBT 2017-2018: Nested PCR amplification of Plasmodium falciparum antimalarial drug resistance markers in DNA extracted from RDT isolates from the Limpopo province of South Africa

The use of antimalarial drugs for the prevention and treatment of malaria is a major strategy used in the control of the disease. Although over the past 50 years, the emergence of antimalarial drug resistance in Plasmodium falciparum has significantly hindered global control efforts at great cost to human health and life.

In malaria elimination settings such as South Africa, the knowledge of the prevalence of resistance markers which are associated with drug resistance is essential for helping to implement effective drug policy. This study examines the prevalence of the resistance marker Plasmodium falciparum multi-drug resistance 1 (Pfmdr1), related to quinolone resistance, in Limpopo province of South Africa.

Nested polymerase chain reaction (PCR) was done on 332 DNA samples extracted from Plasmodium falciparum positive Rapid Diagnostic Tests supplied by different public health facilities located in Limpopo province in order to confirm identity of the parasite species. The Plasmodium falciparum confirmed DNA samples were then investigated for the presence of the N86Y mutation at codon 86 of the Pfmdr1 gene by nested PCR followed by restriction fragment length polymorphism.

Detailed results cannot be described here due to a signed confidentiality agreement with the University of Pretoria, however the results suggest a decrease in the prevalence of the Pfmdr1 N86Y mutation in Limpopo province. Future, larger studies are required to confirm this.

Address

South Africa

Contacts

Traineeship supervisor
Lyn-Marie Birkholtz
lbirkholtz@up.ac.za

Testimony Kiana Depicker

Help, ik ga naar Zuid-Afrika!

Eerst en vooral zorg dat je zo vroeg mogelijk je vliegtuigtickets boekt of zoek wat rond. Je kan best goedkope tickets vinden zeker in juli en augustus. Eenmaal je deze hebt begin aub op tijd aan je visum aanvraag. Je zal ongelofelijk veel papieren nodig hebben. Je moet ook ingeënt zijn voor hepatitis A en B dus als je daarvoor bij de dokter bent vraag een briefje om foto’s te laten trekken van je longen in het ziekenhuis. Dit dient als bewijs dat je geen tbc hebt. De dokter daar in het ziekenhuis moet ook een brief invullen (die je krijgt van de ambassade). Controleer de brief van de dokter zeker want van mij had de dokter zichzelf onderzocht i.p.v. mij waardoor ik later terug naar het ziekenhuis mocht. Verder moet je huisdokter ook een brief ondertekenen waarin hij/zij zegt dat je fysiek gezond bent. Je hebt ook bewijzen nodig van de financiële toestand van je ouders en je moet een hele vragenlijst invullen (in zwarte pen of je mag opnieuw beginnen). Je hebt ook pasfoto’s nodig en je zal je internationaal paspoort op de ambassade moeten achterlaten als alles oké is. Je hebt ook een bewijs nodig van je blanco strafblad maar dit moet in het Engels vertaald worden door een officiële tolk. Een dure grap geloof me dus als je iemand kent die dit kan doen vraag het aan hen voor een prijsje. Vergeet ook niet dat in Tuksdorp je stopcontacten drie pinnen hebben. Je kan adapters kopen in Hatfield als je in Zuid-Afrika bent maar het is toch handig dat je er al eentje mee hebt zeker in het begin (je hebt ook maar twee stopcontacten in je kamer). Ben je volledig klaar om te vertrekken? Spannend, de vlucht is lang dus misschien is het wel een aanrader een plaats te kiezen op het vliegtuig. Ik heb er heel veel spijt van dat ik dit niet gedaan had in het doorgaan. Als je land in Johannesburg moet je natuurlijk naar Hatfield gaan. Dit kan op drie manieren. De eerste is de taxi maar die zijn niet echt betrouwbaar. De mijne kwam mij zelf niet ophalen. Ik stond daar dus drie uur alleen in de luchthaven met zoveel taxichauffeur die er alles aan deden je te overtuigen met hen mee te gaan. Uiteindelijk regelde mijn familie een taxi die mij kwam ophalen maar alles moest snel snel gebeuren. Ook proberen ze jou ervan te overtuigen dat je zelf navigeert (wat dus niet lukt zonder internet ofzo) want op die manier sparen ze hun eigen internet uit. Ik was niet de enige die dit meemaakte, kwam ik later te weten door wat anderen me vertelden. Taxichauffeurs zijn meestal chauffeurs met een strafblad. Daardoor kunnen ze niet bij het populaire Uber werken. Dit is de tweede optie: Uber. Spotgoedkoop en heel betrouwbaar. De lange rit van Johannesburg naar Pretoria zal je toch wel iets kosten maar het zal al veel goedkoper zijn en veiliger. Maar daarvoor moet je wel al de app hebben en proberen te werken met de wifi van de luchthaven. Als laatste is er de gautrain. Die brent je naar Hatfield waar je op nog geen vijf minuutjes van Tuksdorp zit. Je bent even lang onderweg als met de auto maar je moet wel overstappen. Dit is een moderne trein en goed beveiligt dus daar moet je zeker niet mee inzitten. Als je toekomt in Hatfield (dus niet uitstappen in Pretoria) moet je naar links. De mensen daar gaan je zeker helpen en iedereen spreekt Engels. Eerst kom je op je rechterkant Hatfield plaza tegen. Daar kan je later misschien je eerste inkopen doen. Loop rechtdoor met links tennisvelden naast je en daarna komt Tuksdorp. Als je naar Jana Fourie moet dan loop je door tot de ingang van Tuksdorp waar er ook een rondpunt is. Daar ga je naar rechts en dan is het bijna onmiddellijk op je rechterkant. Als je twijfelt kan je hulp vragen aan de security van Tuksdorp. Deze kennen Jana wel. Als je wifi wilt kan je dat al hebben als je langs Tuksdorp loopt. Je kan met je Howest gegeven inloggen op eduroam of als je al je studentennummer hebt en ingelogd bent op de site kan je met die gegevens ook inloggen op tuks wifi.

Welkom in Tuksdorp

Tuksdorp bestaat uit allemaal (oudere) huisjes samen waar lokale en internationale studenten samen zitten. Ertussen is er veel groen en er is een gemeenschappelijk zwembad, tv-ruimte en een computerruimte. Ook is alles veilig afgezet dus het is er best veilig. Huis 15 is het huisje waar de meestal de meisjes zitten. De kamers zijn heel simpel en niet de mooiste maar alles is goed onderhouden en je hebt alles wat je nodig hebt. Het bed staat vast en je hebt twee overtrekken die je kan afwisselen. Als dikker dekentje krijg je een oud deken dat de meeste mensen niet gebruikten (eerlijk gezegd het was niet zo proper). Ik gebruikte dat deken als gordijn aangezien ik enkel doorzichtige lamellen had als gordijn ... Ramen zijn in heel Zuid-Afrika enkel glas wat ervoor zorgt dat het ‘s nachts afkoelt. Houd er rekening mee dat je toekomt als de winter bijna begint dus dat het kan afkoelen. Neem zeker lange broeken en truien mee. Je krijgt wel een vuurtje in je kamer dat ik regelmatig gebruikte maar andere hadden dat niet nodig dus dit hangt af van jou persoonlijk. Je hebt een groot bureau met twee planken, een lavabo met een spiegeltje en dan nog een kast waar ook een spiegel hangt. Als je voor luxe wilt gaan is Tuksdorp zeker niet de plaats maar je hebt alles wat je nodig hebt. Je bent ook nooit alleen als er problemen zijn en er altijd hulp dichtbij. Wc-papier wordt voorzien, ook een strijkplank en strijkijzer. Bestek en kookpotten zijn normaal aanwezig maar doordat er vaak een braai wordt georganiseerd samen met andere huizen raken die gemakkelijk verloren. Ik hield altijd mijn eigen bord en bestek bij op mijn kamer. Handdoeken zijn ook niet aanwezig en hebben we samen aangekocht net zoals een kookpan. Er is een douche en een bad dat je met vier personen deelt maar het bad kan je jammer genoeg niet gebruiken. De douche wordt goed onderhouden en ik had nooit problemen met het water. We hadden er altijd en ook warm water. Er komt een kuisvrouw elke dag van de week om te kuisen en de vuilbakken te legen. Je moet wel je eigen kamer kuisen. Als je kleren gewassen moeten worden dan kan je met je kaart naar de ‘laundry room’ gaan dicht bij de ingang maar heel je moet je eigen wasproduct meenemen, voor de rest is het gratis. In het weekend is het heel druk. Mensen maken misbruik van de laundry room door was van thuis of vrienden mee te nemen. Dit is heel vervelend voor ons internationale studenten die geen andere optie hebben. De wasmachines sluiten gelukkig als ze aan het draaien zijn. Vroeger gingen wasmachines blijkbaar kapot omdat mensen de was van anderen zomaar uithaalden. Dit doen ze jammer genoeg nog altijd met de droogkasten aangezien deze niet sluiten. Het beste is dus tijdens de week wassen want dan is het minder druk en zullen ze je was niet zo snel uit de droogkast halen. Ook ’s ochtends vroeg in het weekend is het soms rustig.

Een heel belangrijke tip voor in Tuksdorp. Sluit zo vaak mogelijk de poort van je huis! Zeker als je beneden woont. Er is een laptop gestolen en er was er plots een meisje aan het douchen in onze douche maar niemand kende dat meisje. Tuksdorp is relatief veilig maar sluit toch beter de deuren zoveel mogelijk, just to be save.

Dagelijkse dingen

Als je een nieuwe ervaring wil opdoen dan is een internationale stage de oplossing. Zuid-Afrika lijkt misschien westers maar het is en blijft een nieuwe cultuur en een ontwikkelingsland. Als je toekomt in Zuid-Afrika merk je al snel een groot verschil op, de auto’s hier links rijden. Na vier maand kan ik mij niet meer voorstellen hoe we in België rijden. Ook hebben de mensen hier heel veel tijd. Spreek je af om 10 uur? Wel de kans is groot dat het 12 uur wordt. Gelukkig is niet iedereen zo natuurlijk. De wifi is relatief goed in Hatfield. Niet zoals in België maar erg goed voor Zuid-Afrika. Als je naar Kaapstad gaat zal je wel snel merken dat de wifi in Hatfield heel goed is. Er is ook een kleine kans op load shedding maar daarover vertel ik later meer. Als wilt winkelen kan je naar Hatfield plaza gaan waar je winkels hebt zoals de supermarkt pick n pay. Dit is de goedkoopste winkel maar die hebben niet altijd alles in stock. Als je voor iets meer kwaliteit wil gaan moet je naar checkers gaan of naar het duurdere Woolworths met een Uber. Uitstapjes horen er natuurlijk bij maar schrik niet van de armoede. De kloof tussen rijk en arm kan niet beter uitgedrukt worden in de Townships. Daar leven de mensen in armoede en in een ‘huis’ van enkele golfplaten tegen elkaar. De overheid zorgt wel voor huisjes waar ze gratis in kunnen wonen, gratis water en elektriciteit hebben maar hier en daar loopt er iets fout en moeten de mensen toch huur betalen. Die kunnen dit niet dus blijven ze wonen in de golfplaten. Soms zie je een enkel stenen huis tussen de golfplaten. Denk dan niet, hoe kun je daar wonen tussen al die arme mensen maar wat je niet weet is dat het soms vijf of meer families zijn die daarin samenwonen. Ze sparen samen elke week/maand voor enkele bakstenen en bouwen zo jaren aan een stenen huis.

Wat is load shedding?

Load shedding is het afsluiten van de elektriciteit gedurende enkele uren op verschillende momenten van de dag. Dit was het geval de eerste drie weken en eind maart ook. Je kan contoleren of je load shedding hebt online door naar de site Eskom te gaan. Daar staat de status en als het zegt ‘not load shedding’ wees dan blij. Als het zegt ‘stage’ en een getal dan moet je naar het schema gaan van Hatfield (Hatfield, City of Tshwane, Gauteng). Dan krijg je een schema met verschillende uren en kleuren en cijfertjes. Je kijkt eerst in welke stage je zit bv stage 2 (de kleurtjes). Dan kijk je bovenaan welke dag van de maand het is bv de 18de. Tuksdorp is nummer 6 dus nu kijk je bovenaan bij nummer 18 en loop je af naar beneden. Als je nummer 6 tegenkomt dan kijk je links welke stage je terecht komt. Is dit de stage je inzit dus nu 2 of lager dan heb je load shedding op de uren die uiterst links staan. De elektriciteit zal uitgeschakeld zijn gedurende 2 en een half uur. In dit voorbeeld is er load shedding om 3:00u tot 5:30 uur en om 11:00u tot 13:30u. De universiteit heeft back up generatoren dus daar zal je wel wifi en elektriciteit hebben maar neem dus zeker een lampje mee voor als je ’s avonds load shedding hebt. Geen elektriciteit betekend geen licht (’s avonds wel wat vervelend), geen wifi, toestellen kunnen niet opgeladen worden, je kan niet koken en douchen gebeurde ook soms in het donker. De kans is wel heel klein dat dit opnieuw gebeurd dus maak je zeker geen zorgen. De stages gaan ook meestal niet hoger dan vier maar het is al gebeurd dat ze in stage acht zaten. Dan wordt de elektriciteit tot 48 uur lang afgesloten.

Malaria team

De universiteit en het gebouw waar het malaria team zit is gigantisch. Alle gebouwen die je ziet in Hatfield zijn van de universiteit of het zijn studeten koten. Je kan zeggen dat Hatfield een stad is met alleen maar studenten bijna. Op de campus heb je restaurants en zelf een Tuksshop. Om de campus binnen te gaan moet je jouw studentenkaart en vingerprint gebruiken. Als je hiermee een probleem hebt moet je naar de andere kant van de campus en als bezoeker binnen gaan via de hoofdingang. Normaal zal de verantwoordelijke van Tuksdorp je wel helpen om je studentenkaart te krijgen. In het labo zit je samen met master studenten, PhD studenten en postdoctoraat studenten. De mensen daar staan altijd klaar als je een vraag hebt of hulp nodig hebt. Ze geven je een warm welkom en je voelt je direct thuis bij hen. Als ik in zo’n omgeving kan werken later dan zou ik geen moment twijfelen.

Prijzen

Wat?

Prijs

Accommodatie (Je betaalt per semester)

R 23 733     (€1500)

Inschrijving en verzekering universiteit*

€170 en €105

Vliegticket

€600

Visa (+ foto’s longen en officiële vertalingen)

€113,85

1 GB (internet voor op een Afrikaans simkaartje)

R 150/maand (€10/maand)

Eten en drinken/maand

€150 - €200

Totale kost (februari tot eind mei)**

€5400

*dit is verplicht, de verzekering dekt kosten voor als je naar een dokter moet. Dit loopt van het begin van een maand, als je betaalt op 15 februari voor 4 maand ben je gedekt van 1 februari tot 31 mei.

**hierbij hoorden uitstapjes naar Blyde river, Pilanesberg, Swaziland, Suncity, mountainbiken, Groenkloof, Kaapstad waar ik sharke cage diving heb gedaan, pinguïns bezocht en abseilen van Table Mountain ... Uitstapjes kunnen heel gemakkelijk en goedkoop door een Uber te bestellen of een auto te huren (zorg voor je rijbewijs). Neem altijd je internationaal paspoort mee en je studentkaart want je kan grote kortingen krijgen als Zuid-Afrikaanse student.

Pro

  • Pretoria is relatief veilig en goed qua wifi en water
  • Iedereen in het labo staat voor je klaar
  • Prachtige campus
  • Iedereen spreekt Engels
  • Je kan met alles terecht bij Jana Fourie (de verantwoordelijke van Tuksdorp) zij helpt met sleutels, dingen die kapotgaan, problemen op school of in het huis …
  • Ongelofelijk prachtige natuur
  • Een ervaring die nooit zal vergeten
  • Goedkoop transport
  • Kaapstad, is maar twee uur vliegen (de mooiste plek van Zuid-Afrika vind ik persoonlijk met pinguïns, bergen waar je vaak moet klimmen ipv wandelen, vele goedkope marktjes, botanische tuin, prachtig aquarium …)

Contra

  • Kleine kans op load shedding maar het is mogelijk
  • Lange periode, heimwee
  • Financieel misschien zwaar
  • Het is vlug donker (rond 18:00u) daarna kom je best niet meer alleen buiten en je moet ook opletten voor pickpockets overdag.
  • Gedeelde keuken (dit kwam omdat ik met ongelofelijke vuile huisgenoten leefde. De andere keukens en huizen waren erg proper dus dit is geluk hebben)
  • De kamers zijn verouderd en niet geluidsdicht (oordopjes nodig)

Zeker te weten voor je vertrekt:

  • Neem zeker drie kopieën mee van je internationaal paspoort met je identiteit en je visa (een voor jezelf, een voor de universiteit en een voor de verzekering) Deze kopie zal je ook in vele nationale parken nodig hebben om korting te krijgen als South African resisdent.
  • Kamers in Tuksdorp zijn totaal niet geluiddicht dus neem best oordopjes mee
  • Tip voor Uber: de chauffeur krijgt het geld van tolwegen terugbetaald. Dus als een Uber chauffeur probeert jou te laten betalen weiger dan!
  • In 2019 nam de politie regelmatig Uber auto’s in beslag in Kaapstad omdat deze een bepaalde sticker niet hadden. De Ubers zijn wel met alles correct maar de stickers werden niet zomaar gegeven. Als je dus politie ziet staan bij jouw Uber, stap aub niet in. Stuur een bericht naar je chauffeur of het oké is want dit kan hem anders 15 000 rand kosten om zijn auto terug te krijgen (bijna 1000 euro).

Weblog: https://kianadepicker.wixsite.com/pretoria

Zoekopdracht
Klassiek
Via Map