Search form

LUBEM, IUT de Quimper

Contact details
Traineeship proposition
Abstract
Testimony
Admin

Abstract bachelorproef 2016-2017: Development and optimization of a quantification method for cyclic lipopeptides produced by Pseudoalteromonas strains

This bachelor project will revolve around the development of a quantification method for cyclic lipopeptides (CLPs) produced by Pseudoalteromonas strains.

Antibacterial resistance is a growing issue in modern society. Therefore, there is a need for new sources of antibacterial products, and the search turned to other bacteria being potential producers of new antibiotics. Pseudoalteromonas is a marine bacterial genus notably found in bivalves such as oysters and mussels. These bacteria produce a large range of metabolites, such as CLPs. Through analysis and characterisation of CLPs, it was discovered that these lipopeptides possess antimicrobial properties. There is a need for a quantification method but since they are unusual natural products, no commercial standard is available.

First, several strains of Pseudoalteromonas were cultured in CD29. CD29 is a synthetic medium that provides optimal conditions for the production of CLPs and generates less interferences when separating or analysing. The strains produce several CLPs. They were separated with RP-HPLC-PDA after purification on a SPE cartridge. The next step was to analyse the collected fractions with RP-UPLC-MS (²) with three different methods: MS Scan, Single Ion Research and Multiple Reaction Monitoring. The cone and capillary voltages were optimized for the mono-charged CLP detection, and fragmentation patterns were obtained. After development, the method was tested on a strain cultured in a complex medium i.e. Marine Broth.

The optimization proved successful for detecting purified CLPs in CD29. The CLPs can be separated according to various mono-charged masses in SIR. MRM was not sensitive enough to detect the CLPs. Because the SIR method could not be applied to the Marine Broth medium due to interferences in the detection, further improvements need to be performed.

The method can be applied to purified samples for mono-charged masses, but the method needs to be assessed for di- or tri-charged ionic masses. It could prove useful to set parameters for each individual CLP to have a more specific detection for all three methods. SIR could be more sensitive and specific when set to a di-charged ionic mass. Higher collision energies could provide more specific fragments for each CLP in MRM. 

Address

2 rue de l’Université
29000 Quimper
France

Contacts

Camille Jégou

Getuigenis internationale stage (Pauline)

Wat een ervaring!

Quimper zal niet onmiddellijk een belletje doen rinkelen; het is een minder bekende stad in het westen van Frankrijk. Maar ik ben op een supertoffe stageplaats terechtgekomen waar voornamelijk met marine (micro-) organismen gewerkt wordt. Mijn collega’s en mentoren maakten mijn verblijf zeer aangenaam. Tijdens mijn internationale stage heb ik ook ontdekt dat ik meer aankan dan ik dacht en ben socialer geworden.

Als ik één puntje advies mag geven: wees niet bang om uit je comfortzone te komen. Ik was enorm nerveus om aan mijn internationaal avontuur te beginnen: mijn Frans was niet super en ik ging vier maanden weg, zonder vrienden en familie rondom me. Maar ik kan je verzekeren: ik beklaag me er geen seconde van. Ik heb aan een interessant onderwerp gewerkt, heb leuke mensen ontmoet en heb duiklessen mogen volgen via mijn stage. De taalbarrière leek na een tijd ook te vervagen en er werd Frans en Engels door elkaar gesproken. Mijn collega’s zijn ondertussen vrienden geworden; ik ben zelfs van plan om binnenkort nog eens terug te gaan.

Je kan mijn avontuur herlezen op mijn blog: https://paulinesadventureblog.wordpress.com

Ik hoop dat je de kans voor een internationale stage niet laat liggen, het is het waard!

Pauline

Zoekopdracht
Klassiek
Via Map