Search form

GentBruggeKortrijkElders te landeBuitenland
Laboratorium Experimentele Immunologie, Universiteit Gent
OncoRNALab - Centre for medical genetics Ghent
Prodigest
Rodekruis Vlaanderen Gent
UG - Faculty of Sciences - Vakgroep Biology - Algologie en PAE
UG FFW Laboratorium voor Farmaceutische Microbiologie
UG Laboratorium voor Toxicologie/Ref4U
UG, departement biologie, Laboratorium voor Mariene Biologie
UG, Fac. Bio-ingenieurswetenschappen, Vakgroep Gewasbescherming, labo Fytopathologie
UG, vakgroep (micro)biologie

Pages

UGent - BCCM/LMBP Plasmidencollectie

Contact details
Traineeship proposition
Abstract
Testimony
Admin

Voorstel stage bio-informatica (2017-18): Implementation of new search functions for the BCCM/GeneCorner online database to find plasmids based on specific biological properties and functions

BCCM/GeneCorner (http://www.plasmids-lmbp.ugent.be/) is a partner of the Belgian Co-ordinated Collections of Micro-organisms (BCCM; http://bccm.belspo.be/). The latter is a non-profit consortium of seven complementary and research-based culture collections of authenticated biological (reference) material, at the service of the international scientific and industrial community.The BCCM is financed by the federal Science Policy. BCCM/GeneCorner is continuously working on the user friendliness of its online catalogue of plasmids. In this context, we would like to work out our idea to implement a new online search possibility for the clients to find the plasmids that suit their needs more easily. Our purpose is to retrieve subcollections of plasmids carrying genes related to specific functions (e.g. apoptosis, autophagy, NF-KappaB signaling, glycosylation, kinases, ubiquitin-related, cytokines, chemokines, etc.) by automatically retrieving info from online accessible databases (like NCBI, Pathway Commons, ...). The student needs to develop a script to retrieve the online info automatically in a separate database. Subsequently, the public plasmids need to be linked to one or more Gene IDs in a (semi)automatic way. The student will also carry out this task. Next to the publicly available plasmids, the public library clones will also be added to the results (human ORF clones, shRNA clones, etc.). Finally the new search function needs to be implemented in the online plasmid catalogue. This will be carried out by the BCCM IT responsible, possibly with the help of the student. The new online search field should work more or less as the search on the website http://www.pathwaycommons.org/, where you can enter a pathway or gene family directly or where you can enter a gene name or symbol after which you should be able to select a pathway or gene family to which the gene belongs. The search should result in a list of plasmids that carry the at GeneCorner available genes belonging to a specific pathway or gene family. Later on, we could extend the script to retrieve e.g. online accessible taxonomical or PubMed data, making it applicable for the other BCCM entities too.
 
Voorstel stage-onderwerp (2012-2013): FeatFinder: een webapplicatie voor automatische annotatie van plasmiden
Context
Elke moleculair bioloog heeft ooit wel al een plasmidenmap geraadpleegd of er zelf al één gemaakt. Vanwege de grootte en de complexiteit van sommige plasmidenmoleculen, zijn tools die automatisch kenmerken kunnen identificeren interessant om belangrijke regio’s in een vectorsequentie te lokaliseren en te analyseren.
Bij de BCCM/LMBP (plasmidencollectie) worden dagelijks plasmidenmappen gemaakt. Om dit werk efficiënter te doen verlopen, werd een alfa versie van FeatFinder ontwikkeld, een webapplicatie om met behulp van een opgegeven sequentie een volledig geannoteerde plasmidenmap te genereren. De huidige functies van FeatFinder zijn echter zeer beperkt, de gerelateerde databank bestaat momenteel slechts uit een 60-tal kenmerken en de zoekopties zijn gelimiteerd.
 
Doelstellingen
Het is de bedoeling om de functies van FeatFinder en de kenmerken in de databank verder uit te breiden. Na publicatie zal deze tool publiek ter beschikking gesteld worden op de DMBR en BCCM/LMBP websites, dit voor zowel intern als extern gebruik.
De databank zal uitgebreid worden met nieuwe kenmerken afkomstig uit VectorNTI, HUGO, RefSeq …
Daarenboven zullen verschillende zoekopties toegevoegd worden (bv.: de  minimale sequentie identiteit aanpassen, al dan niet restrictie enzymen en ORF’s  aanduiden … ) waardoor de analyse volledig kan aangepast worden aan de noden van de gebruiker.
Deze uitbreidingen zullen resulteren in een zo volledig mogelijke plasmidenmap aan die in verschillende bestandsformaten geëxporteerd kan worden (EMBL, GenBank, jpeg of pdf van grafische map … ).
 
Voorstel stage-onderwerp (2010-2011): FeatFinder: een webapplicatie voor automatische annotatie van plasmiden 
Context
FeatFinder is een tool die automatisch kenmerken kan identificeren in een opgegeven plasmide sequentie. De kenmerken of features worden bewaard in een databank. De huidige alfaversie van FeatFinder herkent nog maar een 60-tal (manueel ingevoerde) features en de functies zijn momenteel beperkt.
 
Doelstelling
Het is de bedoeling om de functies van het programma en de kenmerken in de databank verder uit te breiden. Na eventuele publicatie zal deze tool publiek ter beschikking gesteld worden op de DMBR en BCCM/LMBP websites, voor zowel intern als extern gebruik.
 
Uitbreidingen
  • Genereren van verschillende output formaten zoals EMBL en GenBank.
  • Genereren van een grafische map.
  • Genereren van de complementaire sequentie.
  • De databank uitbreiden met nieuwe features:
1) features uit geëxporteerde bestanden of rechtstreeks uit VectorNTI
2) humane genen (HUGO - http://www.genenames.org/)
5) features van vectoren uit EMBL en GenBank
6) features uit commerciële vectoren
  • De mogelijkheid voorzien waarbij gebruikers eigen features kunnen opladen.
  • Voorzien van keuzemogelijkheden wat er dient opgenomen te worden in de te genereren bestanden zoals:
1) LMBP, HUGO, MGI en/of RefSeq features en/of features uit EMBL/Genbank en/of commerciële vectoren en/of afkomstig van gebruikers
2) Features die volledig identiek zijn en/of ook homologe features bvb die 90% sequentie identiteit vertonen (zelf aan te passen) waardoor o.a. ook mutanten en andere fragmenten geannoteerd zullen worden. 
3) Aanduiding van bepaalde restrictie enzymen
  • Voorzien van automatische updates waarbij alle input databanken bvb. wekelijks gescreend worden op nieuwe features.
  • Aanduiden van open reading frames (ORFs) die bvb. minstens 200 codons groot zijn (zelf aan te passen), welke dan kunnen vertaald worden naar hun eiwit sequentie (met aanduiding van bepaalde domeinen en actieve sites en omzetting naar een 3D structuur).
  • Opsporen van relevante restrictiepatronen: het zoeken van optimale digesten waardoor bvb. 2 of 3 fragmenten van welbepaalde lengtes ontstaan.
  • Het zoeken van sequencing primers.
  • Het maken van een tutorial voor de applicatie.
  • Voorzien van blast mogelijkheden, bvb tegen de EMBL databank
 
Deze uitbreidingen vormen een overzicht van de mogelijkheden (waaruit kan gekozen worden) om van FeatFinder een volwaardige en nuttige applicatie te maken.
 
Vergelijkbare programma’s:
Op het net zijn er twee vergelijkbare programma's te vinden, het ene al uitgebreider dan het andere:

Abstract traineeship advanced bachelor of bioinformatics (2017-18): Implementation of new search functions for the BCCM/GeneCorner online database to find plasmids based on specific biological properties and functions

The purpose of this research was to write a script that will implement a new search function for the BCCM/GeneCorner online database to find plasmids based on specific biological properties and functions. I used PHP as programming language and a PostgreSQL database containing the BCCM/GeneCorner plasmid collection.

The BCCM/GeneCorner Plasmid Collection provides services that accepts and distributes plasmids to researchers worldwide. The BCCM/GeneCorner is a non-profit consortium funded by the Belgian Science Policy (Belspo) which has evolved to a unique plasmid repository in Europe.  The consortium exists of seven complementary and research-based culture collections of authenticated biological material and it is embedded in the Department of Biomedical Molecular Biology and the VIB-UGent Center for Inflammation Research.

BCCM/GeneCorner is continuously improving their online catalogue of plasmids with the aim of making the online catalogues user friendly. My project will enable clients to search on gene ontology terms, interaction or pathways. It will also help to generate the associated plasmid containing the gene(s) related with these terms. In this way the client will retrieve plasmids that suits their needs more easily.

My script retrieves automatically the corresponding gene ontology terms, interactions and pathways of the genes found in the public available plasmids from NCBI. Therefore, the public plasmids need to be linked to one or more Gene IDs. The available public plasmids as well as the public library clones (human ORF clones and shRNA clones) are added to the results. The BCCM IT team will implement the search function in the online plasmid catalogue which will retrieve a list of plasmids from the BCCM/GeneCorner Plasmid Collection. The possible search criteria’s of this service  are a gene ontology term, pathway or interaction. But there is also the possibility to enter a gene name or gene symbol after having selected a pathway, an interaction or a gene ontology term.

 

Tags: bioinformatics

Address

Technologiepark 927
Gent
Tel1: +32 9 33 13 843 Tel2: +32 9 33 13 600
Belgium

Contacts

Traineeship supervisor
Prof. Dr. Rudi Beyaert
Traineeship supervisor
Martine Vanhoucke
martine.vanhoucke@ugent.be
Zoekopdracht
Klassiek
Via Map