Pages
UGent, Laboratory for ProteinBiochemistry and Biomolecular Engineering (L-ProBE)
Contact details
Traineeship proposition
Abstract
Testimony
Admin
Stage-onderwerp 2012-2013: Analyse van het Saccharomyces cerevisiae fosfoproteoom na stress-inductie
Ruimtevluchten hebben uitgewezen dat micrograviteit een invloed uitoefent op de fysiologie van organismen. Zo werd vastgesteld dat pathogene micro-organismen sneller groeien en sneller overgaan tot het vormen van biofilm en een verhoogde virulentie vertonen. In combinatie met een verminderde immuunrespons bij de mens levert dit een verhoogd risico bij langdurige ruimtevluchten. Het is dus belangrijk om goed te begrijpen wat de effecten van micrograviteit op cellulaire organismen te bestuderen.
Saccharomyces cerevisiae vormt hiervoor de ideale uitvalsbasis om betrokken cellulaire processen te gaan identificeren. Het is het meest bestudeerde eukaryote modelorganisme vanwege zijn niet-pathogene karakter en eenvoudige manipulatie. Deze ééncellig deelt heel wat fundamentele cellulaire processen met hogere eukaryoten, maar kan tevens model staan voor een aantal processen bij microorganismen, o.m. biofilmvorming.
Tijdens een eerste studie waarbij S. cerevisiae gegroeid op aarde vergeleken werd met deze gegroeid bij micrograviteit, kwam aan het licht dat genen betrokken in de Hoog Osmolariteit Glycerol (HOG) pathway, opgereguleerd zijn. Het doel van dit project bestaat uit het bestuderen van de responsen van S. cerevisiae op stressfactoren waaronder micrograviteit, osmose en hitte. Deze stressfactoren activeren bepaalde pathways in de cel door het fosforyleren en defosforyleren van proteïnen. In dit onderzoek willen we deze proteïnen verder identificeren adhv massaspectrometrie.
Stage-onderwerp 2010-2011
De stage heeft als voornaamste doel het opstellen van een web-gebaseerd systeem voor efficiente
beheer en annotatie van kristallografische en biofysische data.
Een tweede opdracht betreft de herorganisatie van de algemene website van de onderzoeksgroep LProBE.
Download Presentatie (2.75 MB)Samenvatting eindwerk 2012-2013:
Analyse van Saccharomyces cerevisiae proteïnen opgekweekt in micrograviteit: optimalisatie van proteïne extractie
Ruimtevluchten hebben uitgewezen dat micrograviteit een effect heeft op de fysiologie van organismen waaronder een verhoogde virulentie bij bacteriën en gisten. Eerdere studies hebben bewezen dat bepaalde proteïne-pathways verantwoordelijk voor deze effecten opgereguleerd zijn in micrograviteit in vergelijking met normale graviteit (1g). S. cerevisiae zal als modelorganisme gebruikt worden om een proteoomanalyse uit te voeren onder beide omstandigheden. De experimenten onder micrograviteit zijn echter beperkt in tijd, ruimte, enz., wanneer deze uitgevoerd worden in het ISS. In dit project werd dan ook gefocust op de optimalisatie van de proteïne extractie uit een beperkt aantal gistcellen. Dit om voldoende hoeveelheden van zuivere proteïnen te bekomen die daarna geanalyseerd kunnen worden via vloeistofchromatografie-massaspectrometrie (LC-MS).
S. cerevisiae werd gekweekt in 1g condities in vergelijkbare hoeveelheden als in een ISS experiment. De proteïnen werden op verschillende manieren geëxtraheerd om het optimale protocol te bepalen. Daarvoor werden bepaalde stappen toegevoegd, verwijderd of gewijzigd, vervolgens werden de bekomen eiwitten gedigereerd en geanalyseerd via LC-MS. De resultaten hiervan werden verwerkt met een LC-MS verwerkingssoftware. Op die manier kan bekeken worden of bepaalde stappen van het protocol wel efficiënt zijn, een nut hebben of simpelweg overbodig zijn.
De opzuivering van het proteïne-extract aan de hand van acetonprecipitatie blijkt bijvoorbeeld overbodig te zijn en induceert contaminatie van de stalen door het agressieve karakter van aceton ten opzichte van het plastiek aanwezig in de epjes. De lysebuffer hoeft ook geen (thio)ureum (dat proteïnen denatureert en hun oplosbaarheid verhoogt) te bevatten om efficiënt te zijn. Het voorwassen van filters en het gebruik van ultra-clean tips en vials voorkomen ook contaminatie. Het extractie-protocol werd dusdanig geoptimaliseerd dat contaminaties tot een minimum werden herleid. Er zijn echter nog extra analyses nodig om na te gaan of de resultaten ook reproduceerbaar zijn vooraleer de stalen die gekweekt zijn in de ruimte kunnen geanalyseerd worden.
Samenvatting eindwerk 2010-2011: A&A-SBD : een web-interface voor efficiënt beheer en annotatie van biofysische en structurele data
Het laboratorium voor structurele biologie en biofysica (L-ProBE, UGent) kampt met een groot aantal metadatagegevens en fysieke datafiles. Tot eind 2010 werd door iedere experimenter de annotatiegegevens rond de fysieke data files handmatig in hun persoonlijk labboek genoteerd. De data-files zelf staan verspreid op verscheidene computers en externe harde schijven. Dit is een onefficiënte manier van dataopslag en maakt het moeilijk om later een datafile terug te vinden.
Dit project heeft de uitdaging om al deze metadatagegevens van L-ProBE te centraliseren en te digitaliseren door implementatie van een sofware-tool. Deze tool moet op een eenvoudige manier databeheer en efficiënte uitwisseling van de locale gegevens tussen collega’s onderling toelaten. Er bestaan verscheidene softwareprogramma’s die mogelijks een oplossing kunnen bieden. Voor en nadelen worden overwogen en er wordt gekozen voor phpMyAdmin. Deze software bied de mogelijkheid om vanaf nul een web-interface op te zetten specifiek naar de wensen van de gebruikers.
XAMPP, een softwarepakket die phpMyAdmin bevat, wordt op de mathild1 (Linux pc) geïnstalleerd. Een genormaliseerde MySQL-databank wordt aangemaakt met behulp van phpMyAdmin. Om reeds met een mooie opmaak te starten voor de web-interface wordt een CSS sjabloon gekozen. Binnen dit sjabloon worden php files aangemaakt om data dynamisch af te beelden en zodat er gereageerd kan worden op de input van de gebruiker. De php files bevatten naast PHP-taal ook HTML, SQL en javascript.
Address
|
Ledeganckstraat 35
9000 Gent
Belgium |
Contacts
|
Traineeship supervisor
Savvas Savvides
09 264 8731 savvas.savvides@ugent.be |
|
Traineeship supervisor
Devreese Bart
|