Search form

Jan Yperman – campus OLV - Ieper

Contact details
Traineeship proposition
Abstract Bachelor Project MLT 2018-2019: Validation of MDM2 in situ hybridisation on the Benchmark GX

In Situ hybridization is a very important technique in cancer research. The aim of this project is to perform an optimization and validation of the mouse double minute 2 (MDM2) in situ hybridization on the Ventana Benchmark GX. This test is executed to differentiate between a lipoma and a well differentiated liposarcoma (WDLPS)/atypical lipomatous tumor or between a malignant tumor and a dedifferentiated liposarcoma (DDLPS).

The MDM2 in situ hybridization is a new emerging test, that is why this needs to be compared with the fluorescence in situ hybridization (FISH). The optimization of the test is being done with the standard protocol, testing 12 slides where there are 6 positives and 6 negatives. Further optimization is needed when the acquired signals are not strong enough. Further optimization was not needed in this test. The test is validated using an inter and intra-run with 6 samples. In the inter-run 1 slide per sample is tested in a different run with the standard protocol to calculate reproducibility of the test. With the inter-run a comparison is made between different lot numbers. To calculate the repeatability, 3 slides are tested from the same 6 samples in the same run.

The interpretation of the results is based on the MDM2/CHR12 ratio, for which a score sheet has been created. The reproducibility and repeatability are calculated by determining the coefficient of variation between the averages of MDM2/CHR2 ratios. The obtained coefficients of variation are low, so that there is good reproducibility and repeatability.

The conclusion of this optimization and validation is that this test has good reproducibility and repeatability. As a result, this test will be carried out in practice at the Jan Yperman Hospital.

Abstract bachelorproef 2016-2017Optimisation of the cervical processing with the implementation and verification of the Compass Stainer

Cervical cancer is the second most common cancer in women in the world, while it is the leading cancer in women in the developing countries. Unlike most other malignancies, cervical cancer is readily preventable because it has a long preinvasive phase. Cervical cytology has as goal to detect women with epithelial abnormalities. This study examines how the cervical cytology is performed.

This test is used at the Jan Yperman Hospital. It’s laboratory anatomo-pathology has recently bought a new staining device (Compass Stainer of Hologic) to perform the Papanicolaou staining. This device has to be validated before it can be used.

In the validation process, it is tested whether the coloration is the same as that of the previous staining device (TST44 of Medite). It is checked whether the staining is equal to a sample that is processed several times in one run (repeatability). When a sample is processed several times is different runs, the result has also to be the same (reproducibility).

The Compass Stainer meets the requirements and is therefore validated. The staining is equal as the staining of the previous staining device. It is also repeatable and reproducible. The Compass Stainer is therefore applicable today at the Jan Yperman Hospital.

Abstract bachelorproef 2015-2016Validation of the digital scanner : Pegasus-project

The laboratory of pathology-located in the Jan Yperman hospital, is the central key in the project called ‘Pegasus’. This is a project amongst different laboratories of pathology in Flanders. The intention of this project is to speed up the process of giving second opinions-about tumoral tissues. The key instrument is a digital scanner. The scanner is able to make whole slide images. Before the project starts, the scanner has to be validated.

First of all, a SOP is written so everyone uses the scanner the same way. For the validation of the scanner, the guidelines of the College of American Pathologist have been used. Twenty slides,where a diagnose with microscope is already made a couple of weeks before, are scanned. Dr. Kristof Cokelaere makes a diagnosis on a monitor.The diagnosis on a monitor and on a microscope has to be the same. A couple of things need attention. The quality of the image, the completeness of the image, readability of the barcode, etc.

The quality of the image and the readability of the barcode are accurate. There are problems with the completeness of the image. If the original tissue isn’t at the middle of the slide, the scanner can’t scan it right. The image is out of focus. The most important thing is the quality of the original slide. Different thickness of the tissue, air bubbles, spots, etc. can create a bad whole slide image.

For this project, the scanner can be used-if a first diagnosis had already been made. The scanner can’t be used for daily research. 

Samenvatting eindwerk 2014-2015: Validation of chromogenic culture media for identification of vancomycin resistant enterococci
The purpose of this research is to find a reliable method to screen people for colonisation of vancomycin resistant enterococci.
The Jan Yperman hospital in Ypres wants to screen people for the colonisation of vancomycin resistant enterococci which forms a problem for people who are already colonised with ampicillin resistant enterococci, which makes the treatment of infections with such enterococci much more difficult.
The preferred treatment for infections with enterococci is the use of antibiotics. These bacteria are already intrinsically resistant to a broad spectrum of antibiotics. However they are still susceptible to ampicillin and is therefore the preferred treatment. As with every bacterium, enterococci evolve and some clones gained resistance to ampicillin. These kind of enterococci still remained susceptible to treatment with vancomycin.
The appearance of vancomycin resistant enterococci forms a problem with the current treatment with vancomycin. The only other antibiotics available for treatment against infections with such enterococci are linezolid and tigecyclin.
To find a reliable method to screen people on colonisation with vancomycin resistant enterococci, there is a comparison between three chromogenic culture media of biomérieux, biorad and oxoid. The samples were inoculated immediately from a suspension in a physiological solution and are enriched in Thioglycolate medium and bile esculin azide broth.
The used samples are faeces samples for point prevalence in dialysis patients. There is a total of 96 samples, and each of them was suspended in the three possible enrichment methods. After enrichment each sample was inoculated on the chromogenic culture media.
The enrichment in thioglycolate medium and bile esculine azide broth have a sensitivity of 100% for each culture medium, however the specificity of the enrichment in Thioglycolate medium is as expected lower than the enterococci specific enrichment in bile esculine broth.
The immediate inoculation from a suspension in a physiological solution missed a VR and is as such not advised to be used.
It was noted that to differentiate the growth of suspicious colonies was very difficult on the culture medium of biomérieux. This is probably because of the transparency of this culture medium. The other culture media are opaque and give a better contrast and thereby give a better identification of the colonies.
As such, the best method to isolate vancomycin resistant enterococci is to enrich the sample in thioglycolate medium or bile esculin azide broth and then inoculate them on the culture medium of biorad or oxoid.
Samenvatting eindwerk 2012-2013: Validatie van K-RAS Mutatie bij Colorectaal carcinoma op de Cobas van Roche
Dikke darmkanker of colorectaal carcinoom (CRC) is met 10% van alle kankers één van de meest voorkomende kankers wereldwijd. Bij mannen is CRC na prostaat- en longkanker één van de frequent voorkomende kankers. Bij vrouwen staat CRC op de tweede plaats na borstkanker. In België zijn de cijfers hetzelfde als mondiaal.
Tumoren ontwikkelen zich doordat cellen afwijken van het ontwikkelingspatroon en de regulatiemechanismen. Moleculaire mechanismen die hierbij een rol spelen , voornamelijk bij de ontwikkeling van colorectaal carcinoma, zijn  de epidermal growth factor receptor (EGFR). De signalen van de receptor worden doorgeven aan het K-RAS-gen die een rol speelt bij celproliferatie, metastasering en vascularisatie. Wanneer er een mutatie in het gen die codeert voor de EGFR aanwezig is zal de receptor steeds geactiveerd zijn en dus onafhankelijk van een ligand steeds een signaal geven naar het K-RAS-gen. waardoor de cel steeds aangezet zal worden tot overleving, proliferatie, metasering en vascularisatie.
Het bepalen van deze mutatie in het K-RAS-gen is noodzakelijk voor het bepalen van de therapie bij patiënten met gemetastaseerde colorectaal carcinoma (mCRC). Bij deze patienten wordt er namelijk in de eerste plaats geopteerd voor een EGFR-remmers therapie. Wanneer blijkt dat de patiënt een mutatie heeft in het K-RAS-gen kan deze therapie uitgesloten worden en moet er naar een alternatieve behandeling gegrepen worden.
Het doel van dit eindwerk is de validatie van de K-RAS-mutatie van colorectaal carcinoma op de Cobas z480 van de firma Roche. Via de extractiekit Cobas® DNA Sample Preparation kit van  de firma Roche wordt het DNA geëxtraheerd uit de formol gefixeerde paraffine-ingebedde Colorectaalcarcinoom weefsels (FFPET). Met de Cobas® K-RAS Mutation Test wordt de mastermix voorbereid en via real-time PCR op de Cobas z 480 analyzer  wordt de mutatie opgezocht. 
Alvorens aan de validatie te starten werd het validatiedossier en -plan opgemaakt met de te testen parameters. Zo werd de herhaalbaarheid (intra-run) bepaald aan de hand van 4 stalen (3 stalen waarbij een K-RAS mutatie in codon 12/13 aanwezig was, 1 negatief staal) 3 maal tijdens één run te testen. Om de intermediaire precisie (inter-run) van de methode te testen werden dezelfde stalen ook 4 dagen na elkaar gelopen en ook werd het protocol telkens door een andere laborant uitgevoerd om de variabiliteit tussen laboranten te testen. Om de reproduceerbaarheid te testen werden 16 stalen die eerder werden opgestuurd naar het UZA (waar mutatiedetectie gebeurd mbv stripassay) getest op de Cobas z480. Dit om te achterhalen of de resultaten tussen de gebruikte methode in het UZA overeenstemmen met de resultaten verkregen met de Cobas z480 analyser. Daarnaast werd als vierde parameter de robuustheid van de methode getest. Hierbij werd de methode onderworpen aan een variatie in een parameter van het protocol waarbij de invloed van deze lichte variatie op het resultaat wordt achterhaald. Als parameter werd de eerste incubatiestap (bij 56°C) in de extractie van het DNA gevarieerd. De vergelijking gebeurde tussen 6 stalen die een incubatieperiode overnacht ondergingen en 10 stalen die een incubatieperiode van 60 min ondergingen zoals het protocol voorschrijft.
Een toekomstperspectief is het testen van een aantal stalen die uitgewisseld worden met het AZ Groeninge te Kortrijk (waar dezelfde detectiemethode wordt toegepast, nl cobas).
Uit de bekomen resultaten van de testen van de herhaalbaarheid (intra-run) kan afgeleid worden dat de resultaten na driemaal in een zelfde run te hebben getest, hetzelfde zijn. Uit de resultaten voor de inter-run kan besloten worden dat de stalen over verschillende dagen een zelfde resultaat weergeven. Hierdoor kan gesteld worden dat er een goede intermediare precisie is. Uit de resultaten voor de reproduceerbaarheid kan gesteld worden dat methode uitgevoerd op de Cobas z480 analyser overeenstemmen met de methode gebruikt in het UZA namelijk  K-RAS Stripassay van de firma ViennaLabs. Na het testen van de robuustheid kan besloten worden dat zowel de incubatie overnacht als de incubatie voor 60 min bij 56°C evenwaardig zijn.  En dus beide methoden in de het labo kunnen worden toegepast. Er werd gekozen voor de incubatie overnacht dit omdat deze methode tijdsbesparend is.
Samenvatting eindwerk 2011-2012: Kwaliteitscontrole van twee manuele methoden voor de uitvoering van het antibiogram als eerste stap tot implementatie van de EUCAST criteria
Een van de redenen voor de oprichting van EUCAST is de huidige problematiek van resistente bacteriën. Een onafhankelijke Europese organisatie die de richtlijnen en zones vaststelt voor de antibiogrammen in het bacteriologisch labo, zal ervoor zorgen dat men gegevens over resistentie kan gaan vergelijken over de landsgrenzen heen.
Naast het vergelijken van de gegevens zal ook de interpretatie en rapportering gelijkaardig gaan gebeuren. De zones voor het routine testen van antibiotica zijn meestal strenger bij EUCAST dan bij het vaak gebruikte CLSI. Vooral door het gebruik van PK/PD breekpunten bij EUCAST. Door deze strengere rapportering worden er meer resistente kiemen gerapporteerd en zal men de verspreiding van resistentie minder in de hand gaan werken.
In dit eindwerk wil men de EUCAST criteria implementeren in het labo. Hiervoor moet er vooraf een kwaliteitscontrole gebeuren van minimaal twintig dagen met speciaal geselecteerde bacteriële stammen. 
Voor deze kwaliteitscontrole waren er twee types van antibioticaschijfjes beschikbaar. Enerzijds waren er de Rosco tabletjes en anderzijds de papieren schijfjes van BioRad. De bedoeling is om na de kwaliteitscontrole de EUCAST criteria te kunnen invoeren met een van deze schijfjes.
Uiteindelijk is er geen definitieve keuze gevallen. Voorlopig wordt er verder gewerkt met Rosco. De EUCAST criteria kunnen ook met deze schijfjes geïmplementeerd worden in de routine, mits uitsluiting van rapportering voor de antibiotica die niet conform werden bevonden tijdens de kwaliteitscontrole volgens de EUCAST criteria.
Samenvatting eindwerk 2006-2007: Medicatiedistributie in het ziekenhuis, van apotheek tot patiënt
In dit eindwerk wordt de geneesmiddelendistributie van het Jan Ypermanziekenhuis besproken. Het is belangrijk om eerst het onderscheid te maken tussen een ziekenhuisapotheek en een stadsapotheek omdat een ziekenhuis een reglementering volgt die verschillend is van deze in de stadsapotheek. Daarna volgt een bespreking van de plaatsen waar geneesmiddelen in het ziekenhuis kunnen teruggevonden worden. In hoofdzaak vindt men vanzelfsprekend geneesmiddelen terug in de apotheek maar eveneens de verpleegeenheden bezitten een gekende voorraad. Sommige verpleegeenheden werken zelfs met naschrift en beschikken over een grote voorraad om in acute situaties direct te kunnen handelen.
Verder wordt de weg van het geneesmiddel in de apotheek tot de patiënt op de verpleegeenheid uitgestippeld. Alle stappen en bevoegde personen worden besproken. Dit van het voorschrijven door de arts tot het ontslag van de patiënt.
Het volgende hoofdstuk gaat over de knelpunten in het beschreven distributiesysteem. Wat werd ondervonden als een hindernis in de huidige distributie van geneesmiddelen en wat kan een oplossing bieden voor dit probleem.
Verder volgt het uiteindelijke doel van dit eindwerk namelijk een weergave van het huidige distributiesysteem in het ziekenhuis aan de hand van observaties in de apotheek alsook op enkele verpleegeenheden. Het is belangrijk met de vernieuwingen in het vooruitzicht om ook het distributiesysteem eens grondig op punt te stellen. Hiertoe werd een werkgroep voor distributie van geneesmiddelen opgericht. In deze werkgroep worden de observaties besproken om er de nodige conclusies en verbeteringen uit te kunnen halen.
Als laatste worden enkele toekomstperspectieven aangehaald die het ziekenhuis in het achterhoofd houdt. Hier vallen het elektronisch voorschrift, de werking van klinische paden en de pill pick onder. De invoer van het elektronisch voorschrift is momenteel voor het ziekenhuis een hoofdpunt op de agenda.


Briekestraat 12
8900 Ieper
057/22 37 24


Traineeship supervisor
Apr Van de Velde Cléo
Traineeship supervisor
Apr Lauwers Eveline
057/22 37 24
Traineeship supervisor
Maryse Laplace
Traineeship supervisor
Stijn Deloose
Via Map